计算化学公社

标题: gmx trjconv 处理轨迹遇到问题求助 [打印本页]

作者
Author: 呆宝可乐 时间: 2020-6-5 23:20
标题: gmx trjconv 处理轨迹遇到问题求助
请教社长：
（1）模拟的表面活性剂自组装，体系组成包括5个离子液体+10个表面活性剂+12000二氧化碳，进行轨迹处理的时候，输入了命令：gmx_19.3 trjconv -s md.tpr -f md.xtc -nindex.ndx -o md-mc.xtc -pbc mol -center

想让离子液体处在盒子中心，形成大自组装聚集体，index文件中设置了【IL】组，该组包含了所有离子液体的原子编号， (, 下载次数 Times of downloads: 23) 居中的时候选择了[IL]组，输出的是体系，我的问题是我这样设置是否有错误？为什么最后的轨迹看到IL并没有处在盒子中心？ (, 下载次数 Times of downloads: 30)
（2）关于参数的问题，

傅里叶变换格点间距（fourierspacing ） = 0.16，温度/压力耦合时间常数，这三个值的增大减小对体系有什么样的影响？

十分感谢社长解惑。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-6 09:47
1 如果一开始离子液体是分散的，到后来才聚集到一起，用这个命令去处理轨迹的靠后部分，看能否得到聚集的离子液体一直在盒子中央的轨迹

2 若无特殊目的不要改fourierspacing。
耦合常数影响热浴和压浴的强度，也因此影响温度和压力的调节速度、波动程度

作者
Author: 呆宝可乐 时间: 2020-6-6 11:12

sobereva 发表于 2020-6-6 09:47
1 如果一开始离子液体是分散的，到后来才聚集到一起，用这个命令去处理轨迹的靠后部分，看能否得到聚集的离 ...

先谢谢社长。
1.怎么样用这个命令去处理轨迹的靠后部分呢？我的Production run直接跑了100ns,
2.那常数越大，热浴和压浴的强度越强，波动程度也是越大的，是这样的一个关系吗？
3.再顺带提一个疑问，处理微乳液反胶束体系的时候，“trjconv -pbc cluster"这个选项会让胶束聚集的更好么？因为我看我的体系聚集的不是很好，时散时聚，我尝试过用这个选项，看到一直在迭代，结束之后看组装情况也没有较好的改善，那请教这个 -pbc cluster有什么意义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-6 11:17

呆宝可乐发表于 2020-6-6 11:12
先谢谢社长。
1.怎么样用这个命令去处理轨迹的靠后部分呢？我的Production run直接跑了100ns,
2.那常数 ...

1 trjconv加上-b和-e可以指定处理的轨迹范围。详见自带的帮助

2 常数越小，热浴/压浴越强，波动越不明显，但也因此越不能体现实际中应有的微观涨落

3 这是要求让特定的group在轨迹里保持完整，避免因为PBC方式记录轨迹导致某个group被盒子边界分离，影响观看和分析

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