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标题: 准备用MS建模TiO2纳米管，遇到问题 [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-9-22 18:10
标题: 准备用MS建模TiO2纳米管，遇到问题
我按照培训教材建立二氧化钛的纳米管，但是却建不成功，希望高手能帮帮忙？建模过程分别是图片1,2,3,最后我建立的二氧化钛纳米管的模型是图片4，是用forcite分子动力学优化后的纳米管，根本就不对，不知道哪里出了问题？？

作者
Author: zszguangdian 时间: 2015-10-5 21:21
自己写个程序一劳永逸啊

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2015-10-8 15:50

zszguangdian 发表于 2015-10-5 21:21
自己写个程序一劳永逸啊

这个程序不好写吧

作者
Author: xlial0145 时间: 2015-10-8 18:24
请问你的教材是什么？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-10-9 12:09

xlial0145 发表于 2015-10-8 18:24
请问你的教材是什么？

创腾的培训教材，dmol3高级班。

作者
Author: xlial0145 时间: 2015-10-9 14:52

zyj19831206 发表于 2015-10-9 12:09
创腾的培训教材，dmol3高级班。

可以发给我一份吗？我的邮箱：597764003@qq.com，非常感谢你

作者
Author: zszguangdian 时间: 2015-10-11 22:23
还可以吧看到你滴帖子偶用MS试了一下发现这货需要非常精确的放置才可以形成圆环我没成功差点成了环就想着写个程序试试反正我也想做这种环状的东西先预备着用C语言写了个小程序只是半成品仅仅是一层原子的可以处理好多层的没弄好用空再去改改

作者
Author: zszguangdian 时间: 2015-10-11 22:25
程序没那么复杂几十行而已

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-10-11 22:46

zszguangdian 发表于 2015-10-11 22:25
程序没那么复杂几十行而已

能贴出来看看吗？我尝试用fortran 写一个？

作者
Author: zszguangdian 时间: 2015-10-14 15:37
/*********************************************************************************************************************************************/
/*                                                                                                                                        */
/*                            This C program is writted by Shaozheng Zhang in Quzhou University, Zhejiang.                               */
/*                                                                                                                                        */
/*********************************************************************************************************************************************/
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#define pi 3.1415926
#define maxcell 100
#define debug 1
struct coordinate
{
char a,b;
float x,y,z;
};

int main()
{
//Input the basic parameters of the stripe and generating nanotube. xyz molecular format is accepted.
printf("Length and number of a stripe to construct one nanotube:\n");
float l_stripe,r_tube;
int n_stripe;
scanf("%f%d",&l_stripe,&n_stripe);
r_tube=n_stripe*l_stripe/(2.0*pi);
#ifdef debug
printf("the length of stripe and the number of stripe to construct one nanotube:%f %d\n",l_stripe,n_stripe);
printf("The diameter of the nanotube:%f\n",r_tube);
#endif
//输入纳米带的数据结构，采用.xyz文件的格式。
struct coordinate cell[maxcell];
printf("Input the location of xyz file:\n");
char structure[100];
scanf("%s",structure);
FILE *fp;
if((fp=fopen(structure,"r"))==NULL)
{
   printf("cannot open file\n");
   exit(0);
}
int n_atom;
char description[100];
fscanf(fp,"%d\n",&n_atom);
fscanf(fp,"%s\n",description);
#ifdef debug
printf("the number of atoms in the stripe:%d\n",n_atom);
printf("Description of the system:%s\n",description);
#endif
int cycle;
for(cycle=0;cycle<n_atom;cycle++)
fscanf(fp,"%c%c%f%f%f\n",&(cell[cycle].a),&(cell[cycle].b),&(cell[cycle].x),&(cell[cycle].y),&(cell[cycle].z));
#ifdef debug
for(cycle=0;cycle<n_atom;cycle++)
printf("%c%c  %f  %f  %f\n",cell[cycle].a,cell[cycle].b,cell[cycle].x,cell[cycle].y,cell[cycle].z);
#endif
fclose(fp);
//Output the structure of nanotube which rolls from the input stripe.
printf("Nanotube coordinate Section:\n");
printf("%d\n",n_atom*n_stripe);
printf("%s\n",description);
int roll;
float reradius,delta,re_x,re_y,re_z;
for(roll=0;roll<n_stripe;roll++)
  for(cycle=0;cycle<n_atom;cycle++)
  {
reradius=r_tube+cell[cycle].z;
delta=(cell[cycle].x+l_stripe*roll)/reradius;
re_x=reradius*sin(delta);
re_y=cell[cycle].y;
re_z=reradius*cos(delta);
printf("%c%c  %f  %f  %f\n",cell[cycle].a,cell[cycle].b,re_x,re_y,re_z);
  }
}

作者
Author: zszguangdian 时间: 2015-10-14 15:38
用个C6H6试过可以其它不好有空再去改改

作者
Author: alexpanji 时间: 2019-9-25 22:13
可以发我一份吗高级教程吗？谢谢 523704695@qq.com

作者
Author: thunderyang 时间: 2019-9-26 09:08
同求高级教程，17715156409@yeah.net

作者
Author: s541040349 时间: 2020-6-26 13:34
能否求一份教程

作者
Author: aken5555 时间: 2021-1-2 15:25
请问楼主是怎么把 TiO2纳米管放在盒子里的啊？

作者
Author: annaqz 时间: 2021-6-17 19:09
同求高级教程，894289636@qq.com。非常感谢

作者
Author: WKW 时间: 2022-10-30 15:11
求高级教程，859307931@qq.com，感谢！

作者
Author: akun 时间: 2024-4-20 11:42
求高级教程，3198349661@qq.com ,感谢！！

作者
Author: 文申的量子化学 时间: 2024-4-22 20:50
同求高级教程。谢谢1042159397@qq.com

作者
Author: lxyy 时间: 2024-6-5 10:26
您好，能否求一份教程3156751197@qq.com

作者
Author: colly 时间: 2024-10-23 22:16
想问一下楼主，这个第六步是怎么按照规则定义的，搜过一些资料，发现似乎MS不支持卷曲成管。需要自己写程序，或者仅仅卷曲一定程度然后复制结合。想知道楼主这个第六步是怎么实现的，看到过文章MS可以做，但我不知道谢谢

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