计算化学公社

标题: 如何在GMX里使用极化水分子？比如SWM4-DNP [打印本页]

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-6-6 17:57
标题: 如何在GMX里使用极化水分子？比如SWM4-DNP
Google了下，看得不是太懂，是不是要先下载Drude force field，安装到gmx里，才能添加这个极化水分子模型呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-6 18:41
那不叫极化水分子，而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境中的被极化效应（因此其偶极矩大于水的气相实验偶极矩）

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-6-7 17:20

sobereva 发表于 2020-6-6 18:41
那不叫极化水分子，而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境 ...

那老师的意思说，计算极化后的性质时，可极化的水分子模型不见得就比SPCE这些模型效果好吗

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-6-7 17:22

sobereva 发表于 2020-6-6 18:41
那不叫极化水分子，而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境 ...

主要想知道计算水的极化后的性质，不知道哪种模型效果比较好，想试试这种可极化的水模型

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 19:08
(, 下载次数 Times of downloads: 56)

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Author: k64_cc 时间: 2020-6-9 07:55

Riddermark 发表于 2020-6-7 17:22
主要想知道计算水的极化后的性质，不知道哪种模型效果比较好，想试试这种可极化的水模型

想用Drude model你得换成NAMD或者OpenMM。

SWM4对hydration free energy的预测是-5.9 kcal/mol，基本和实验吻合，而SPC系列一般都是~ -7 kcal/mol，明显高估。不过模拟bulk water不用在意这个，一般都是界面体系才关心这种事。

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-6-12 11:08

k64_cc 发表于 2020-6-9 07:55
想用Drude model你得换成NAMD或者OpenMM。

SWM4对hydration free energy的预测是-5.9 kcal/mol，基本 ...

请问大佬，不能在gmx里用swm4吗？那能用tip4p-FQ吗？或者就用SW可以不呢

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Author: k64_cc 时间: 2020-6-12 17:04

Riddermark 发表于 2020-6-12 11:08
请问大佬，不能在gmx里用swm4吗？那能用tip4p-FQ吗？或者就用SW可以不呢

可以在GMX里用Shell particle，但是慢。Drude model不用Dual Langevin thermostat会慢到令人发指。

基于动态电荷的model我完全没跑过，知道的也不太多。Lammps支持动态电荷，但是我不知道它支不支持tip4p-fq那种。现在用动态电荷的水模型的人很少了，Morita一直在发展这个领域，但是他的MD engine不开源，想拿来试试也做不到。

SW是啥……

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