计算化学公社
标题: lammps模拟NVT系综下辛烷在二氧化硅表面的吸附求助 [打印本页]
作者Author: shun 时间: 2020-6-7 07:53
标题: lammps模拟NVT系综下辛烷在二氧化硅表面的吸附求助
图1是一个用MS导出来的模型。最下边是二氧化硅，上边是辛烷，最上边是MS中加的3纳米的真空层。
我想用lammps实现NVT系综下辛烷在二氧化硅表面的吸附。
遇到的问题：
1、在模拟过程中，二氧化硅层如何固定？同时保证参与和辛烷分子间的相互作用。我按图2这么写对吗？
2、在用NVT系综跑10000步，辛烷为什么会扩散到整个盒子？如图3。在用NVE系综跑10000步，辛烷则会吸附到二氧化硅表面。如图4.
3、关于图1盒子上方3纳米的真空层，因为我平时都用MS跑模型，加真空层为了避免周期性边界条件的影响。在MS中，NVT系综下辛烷会吸附到二氧化硅表面。为啥lammps会扩散到真空层中呢？lammps中这个真空层有必要吗？还是说要把这个真空层换成一个不可见的隔板，防止辛烷扩散进去？如果这样的话，隔板应该怎么写？
小白刚接触lammps，烦请大家耐心指点一下，谢谢！
作者Author: k64_cc 时间: 2020-6-9 12:03
你辛烷是气相还是液相？气相的话，放那么多干啥？液相的话，哪有吸附过程？
作者Author: shun 时间: 2020-6-10 15:54
液相，我可能没有表达清楚，我说的吸附就是，液相的辛烷在二氧化硅表面的铺展过程，不管怎么说吧，也不能跑到上边去吧
作者Author: tony283 时间: 2020-6-10 20:09
1.对的
2.nvt热浴中的随机力可能是导致你体系扩散到真空层的原因，温度越高，随机力给的越大，越容易扩散。
3.看你需求，boundary如果是ppp，就需要真空层，boundary最后一个如果不用p就不需要真空层。
作者Author: shun 时间: 2020-6-11 09:03
标题: MS中的
感谢老师的回复！
关于第一个问题，我翻看了之前的一些帖子：http://mdbbs.org/thread-36442-1-1.html (出处: 分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums)，按照此贴的说法，fix nvt 与setforce不能同时控制一个group，保持固定的group必须用fix nve+setforce，不固定的group再用fix nvt。于是我写了图5的命令，同时将固定的group初速度设为0，不固定的group设置了随机初速度（跟您说的nvt热浴中的随机力导致扩散是相一致的）。辛烷就没有往真空层扩散了。
可是这样的话，就又出现个问题，我想设置整个体系的温度是318k，但是现在二氧化硅固定了，还能让整个体系的温度保持318K吗？
作者Author: Lacrimosa 时间: 2020-6-11 10:46
为什么要固定二氧化硅呢？力场参数合理的情况下一般不会有很大的变化的
作者Author: k64_cc 时间: 2020-6-11 11:20
NVT是平衡态采样，有热浴影响，会干扰你想看到的“铺展过程”。你可以考虑把液相的slab和固相的SiO2分别平衡，然后放在一个box里跑NVE。在这种方案下，如果有得选，垂直于界面的方向还是别用PBC为好。
作者Author: li447fan 时间: 2020-11-16 21:55
请问气相和液相是如何设定的呢
作者Author: 张凤翔 时间: 2021-1-6 11:07
你好，气相和液相设置解决了吗？
作者Author: WB1040720479 时间: 2022-1-4 14:03
请问一下靠近表面的辛烷会出现密度大于其余部分的情况嘛？
作者Author: WB1040720479 时间: 2022-1-4 14:03
请问一下靠近表面的辛烷会出现密度大于其余部分的情况嘛？
作者Author: WB1040720479 时间: 2022-1-4 14:04
请问您一下，如果我将基底完全固定，然后再吸附这样设置合理吗？
作者Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-6 13:11
会，界面处辛烷的密度分布可能会出现两个峰（沿垂直于界面方向）
作者Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-6 13:14
如果你指的是将整个二氧化硅完全固定，那就不合理。如果只固定非表面层的部分是可以接受的，但有这么做的必要吗？
作者Author: WB1040720479 时间: 2022-1-12 16:14
就是在MS的sorption中是否将基底完全固定对结果没有什么影响，不知道在lammps是否一样；然后如果一般表面层不固定做结构优化后原子分布会发生变化，能量降低，这个操作应该会减小原子的吸附量吧？实际吸附过程吸附质不影响表面原子分布吧？
作者Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-13 21:24
表面层原子的化学环境和体相本身就不同，结构不一样很正常。很多力场开发者已经考虑到了这个问题，所以由力场参数去决定表面结构更合理。在水-黏土的界面研究中就出现过类似的问题，旧力场参数未考虑到表面羟基的柔性，导致水在表面的分布不合理，文章标题我记不清了，应该是Cygan.R.T的某篇文章里提到的。至于是否会减小吸附量没法直接判断。
作者Author: WB1040720479 时间: 2022-1-20 21:47
我目前是切平面后构建layer直接sorption的。如果需要通过力场来决定表面结构，只需要几何优化嘛还是需要NVT跑MD？
作者Author: moluren 时间: 2022-5-1 21:21
请教楼主我也在练习气体吸附在硅基质中，但是设置参数时，有写参数不知改如何设置，能否请楼主分享一下自己的in文件，学习一下呢，在此谢过了
作者Author: Decay 时间: 2022-7-4 22:52
求个in文件万分感谢
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