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标题: gmx里氢键的分析怎么感觉不对呢 [打印本页]

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-6-7 22:49
标题: gmx里氢键的分析怎么感觉不对呢
我算的是CNT中的水，由于尺寸的原因，水分子呈线性，有8个水分子，图片显示的是第一帧的情况，里面有9个氢未成键，7个成一个键的，正好是16个氢。但是，分析出来的nhbdist.xvg，却和观察的结果不一致，而且还存在一个氢成两个氢键的情况。请问老师，这是怎么回事。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 15:50
你当前只显示了一帧，而你统计的是整个轨迹。先改成只统计这一帧看看什么情况

另注意默认情况下，如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键，会被当成其中一个氢形成了多个氢键看待。用-nomerge可避免这种处理。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-6-9 15:48
谢谢

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