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标题: AmberTool中使用MCPB功能遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: mtslinyannan 时间: 2020-6-8 06:23
标题: AmberTool中使用MCPB功能遇到的问题

论坛的各位老师前辈们好，

因为疫情期间的隔离，这段时间我在家自学Ambertool，并尝试模拟了几种金属有机配合物在GAFF力场下的分子运动。因为是完全的萌新，所以我在使用过程中遇到了一些问题，因此在此发帖希望能够得到各位高人的指教。

背景：由于GAFF中并无过度金属的力场信息，因此我使用了Ambertool中的MCPB功能（https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.5b00674

）；为的是可以将配位金属的力场信息单独置入input file中，并将金属与配体之间的配位键用共价键的处理方式生成相关的力常数。根据官网上提供的教程（https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm）照搬，我在之前的几次尝试【准备类似分子式为Mn+{L}的input file】都算是比较成功的。

问题：在最近一次使用MCPB的过程中，我尝试去为一个分子式为Cu+{L}{CO}的铜配合物准备相关input file，但我却始终无法使MCPB识别到CO（一氧化碳）的存在，并且在执行“MCPB -s 1”的步骤一直报错。我个人曾尝试将CO删除掉【即剩余分子式为Cu+{L}】并尝试执行MCPB，结果却可以成功的生成input files。因此我一直以为是不是CO这个配体出了什么问题？希望前辈们可以解答！如果需要更多的信息，我会积极配合提供！万分感恩！

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2022-3-7 05:35
你好，请问你的我问题解决了嘛？我最近在学习Ambertool，自己的Fet体系，按照官网上的教程，跑不下来，烦请指点一下。在“MCPB -s 2”一步总是报错“Cartesian Force Constants”。请问你有遇到过相同的问题嘛

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