计算化学公社

标题: 求助：DMol3在生成库仑积分一步报错，可能是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2020-6-8 11:32
标题: 求助：DMol3在生成库仑积分一步报错，可能是什么原因？
用DMol3优化时，在生成库仑积分一步报错，报错信息如下：

Message: Generating Coulomb integrals
Checked out license feature: MS_dmol_site <v2011.090> [for msi] (3 copies)

rank 16 in job 1 node16_50528 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 16: killed by signal 9

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 5 min 33 sec.

之后用一个小分子做测试，结果能顺利优化结束。换回那个稍大点的分子结果还是库仑积分这步报错。

网上搜索之后，猜测可能是License的问题，于是换了手头有的几个lic文件，但没能解决。

请教各位，问题到底出在哪儿了呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-8 15:03
本帖最后由卡开发发于 2020-6-8 15:04 编辑

听哥一句劝，DMol3那个杂化泛函还是算了吧，小分子Gaussian和ORCA不香嘛。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2020-6-8 15:16
本帖最后由 xiaowandouer 于 2020-6-8 15:17 编辑

卡开发发发表于 2020-6-8 15:03
听哥一句劝，DMol3那个杂化泛函还是算了吧，小分子Gaussian和ORCA不香嘛。

哈哈。分子比较大，6-31G*已经到了2000多个基函数，想着DMol3跑下看。

是杂化泛函引起的吗？换个泛函是不是可以解决？

或者这样的体系您有更好的建议吗？ORCA还没用过，Turbomole能快些吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-8 16:00

xiaowandouer 发表于 2020-6-8 15:16
哈哈。分子比较大，6-31G*已经到了2000多个基函数，想着DMol3跑下看。

是杂化泛函引起的吗？换个泛函 ...

ORCA吧，DMol3杂化泛函效率太低了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 16:01

xiaowandouer 发表于 2020-6-8 15:16
哈哈。分子比较大，6-31G*已经到了2000多个基函数，想着DMol3跑下看。

是杂化泛函引起的吗？换个泛函 ...

仔细看此文清醒认识Dmol3对于分子体系的计算到底是个什么玩意儿
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

有免费的ORCA不用，花钱买不比ORCA更快的Turbomole干嘛？
我写过大量博文介绍ORCA的使用，去sobereva.com点击右侧的ORCA分类看，以及看入门视频：
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2020-6-8 18:01

卡开发发发表于 2020-6-8 16:00
ORCA吧，DMol3杂化泛函效率太低了。

好的，谢谢推荐！

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2020-6-8 18:02

sobereva 发表于 2020-6-8 16:01
仔细看此文清醒认识Dmol3对于分子体系的计算到底是个什么玩意儿
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子 ...

感谢！

作者
Author: phyyyds 时间: 2024-5-25 11:03
本帖最后由 phyyyds 于 2024-5-25 11:41 编辑

4年前的帖子了，mark一下，Orca也会遇到类似的问题：

Total number of grid points                ...  2400723
Total number of batches                   ... 37914
Average number of points per batch          ...    63
Average number of grid points per atom    ...    3405
UseSFitting                               ... on
Time for X-Grid setup          = 1848.326 sec
Error  (ORCA_SCF): Not enough memory available!
                  Memory available for SCF calculation:       12000 MB
                  Memory needed (estimated)          :       25149 MB
   ====>       Please increase MaxCore to more than:       25149 MB
Error (ORCA_SCF): ... aborting the run
ORCA finished by error termination in SCF

体系/泛函/基组越大，mem/C就越大，当mem/C 远小于 实际需要的大小时，不管Dmol还是Orca，都没法推测出需要多大内存，转而使用磁盘来存放临时文件（这种情况即使能运行也会很慢，mem/C特别小时报错也不会提醒是内存问题）。需要做的就是加大内存或者减小核心数。
值得一提的是即使没有解决跨节点的问题，也可以用2个节点的内存来计算。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)