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标题: 用namd做蛋白质在电场下的分子动力学模拟，跑到一段时间后模拟突然中断 [打印本页]

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-6-8 14:13
标题: 用namd做蛋白质在电场下的分子动力学模拟，跑到一段时间后模拟突然中断
在日志文件里也没有error，
这是我的日志文件的最后一段：
WRITING EXTENDED SYSTEM TO RESTART FILE AT STEP 598000
WRITING COORDINATES TO DCD FILE /public/home/jiangzt/namd-simulation/tubian/ASN-E/eq/eq.dcd AT STEP 598000
WRITING COORDINATES TO RESTART FILE AT STEP 598000
FINISHED WRITING RESTART COORDINATES
WRITING VELOCITIES TO RESTART FILE AT STEP 598000
FINISHED WRITING RESTART VELOCITIES
LDB: ============= START OF LOAD BALANCING ============== 5788.2
LDB: ============== END OF LOAD BALANCING =============== 5788.2
Info: useSync: 0 useProxySync: 0
LDB: =============== DONE WITH MIGRATION ================ 5788.2
LDB: ============= START OF LOAD BALANCING ============== 5788.68
LDB: Largest compute 40 load 0.070942 is 15.1% of average load 0.468670
LDB: Average compute 0.009811 is 2.1% of average load 0.468670
LDB: TIME 5788.69 LOAD: AVG 0.46867 MAX 0.48509  PROXIES: TOTAL 137 MAXPE 10 MAXPATCH 7 None MEM: 1019.32 MB
LDB: TIME 5788.69 LOAD: AVG 0.46867 MAX 0.48509  PROXIES: TOTAL 137 MAXPE 10 MAXPATCH 7 RefineTorusLB MEM: 1019.32 MB
LDB: TIME 5788.69 LOAD: AVG 0.46867 MAX 0.48509  PROXIES: TOTAL 137 MAXPE 10 MAXPATCH 7 RefineTorusLB MEM: 1019.32 MB
LDB: ============== END OF LOAD BALANCING =============== 5788.69
Info: useSync: 0 useProxySync: 0
LDB: =============== DONE WITH MIGRATION ================ 5788.69

本人是一个刚接触namd和分子动力学不久的小白，求助各位老师。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-6-8 16:48
续跑就行了，不是有xxx.restart.coor/xxx.restart.vel/xxx.restart.xsc文件吗

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-6-9 08:04

fhh2626 发表于 2020-6-8 16:48
续跑就行了，不是有xxx.restart.coor/xxx.restart.vel/xxx.restart.xsc文件吗

话说回来，PBC下电场方向能量不守恒咋整……

作者
Author: ene 时间: 2020-6-9 11:21

k64_cc 发表于 2020-6-9 08:04
话说回来，PBC下电场方向能量不守恒咋整……

按说加了电场就没法得到严格的NVE系综了吧？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-6-9 15:14

k64_cc 发表于 2020-6-9 08:04
话说回来，PBC下电场方向能量不守恒咋整……

我基本上没跑过电场下的模拟，说得不一定对

我的理解是只有体系中存在没有键连的阴阳离子，当它们分别跨过不同边界的时候就会造成能量不守恒。比如一个阳离子跨越了下面的边界，而同时一个阴离子跨越了上面的边界。但是如果阴阳离子对同时跨过一个边界的话PBC造成的energy jump应该会抵消。

如果是前一种情况的话基本上是无解的，因为电场在一直向体系里面做功，只能是尽量避免。我能想到的方法一个是使用reflecting boundary，但是这样的话有可能阴阳离子会逐渐的聚集到两边的边界上，直到和电场抵消。一个就是尽量避免加单独的阴阳离子，或者将少量的抗衡离子以一种什么方式和蛋白质约束在一起，不让带电离子单独跨越boundary

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-6-10 10:01
本帖最后由 k64_cc 于 2020-6-10 10:02 编辑

fhh2626 发表于 2020-6-9 15:14
我基本上没跑过电场下的模拟，说得不一定对

我的理解是只有体系中存在没有键连的阴阳离子，当它们分别 ...

受教了，虽然我也不做带电体系（捂脸
这么说的话，在现实体系中加电场，离子也是会富集到界面上的。那么模拟电场下bulk region的游离离子其实没啥物理意义……

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-6-21 15:47

fhh2626 发表于 2020-6-8 16:48
续跑就行了，不是有xxx.restart.coor/xxx.restart.vel/xxx.restart.xsc文件吗

请问怎么继续跑呀

作者
Author: Marsxy 时间: 2023-2-25 09:21

fhh2626 发表于 2020-6-8 16:48
续跑就行了，不是有xxx.restart.coor/xxx.restart.vel/xxx.restart.xsc文件吗

请问使用什么命令续跑呀？

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-10-31 20:15
你这有报错吗又没有fatal error

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