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标题: 如何在Material Studio foricite 退火中设置抓取结构的温度 [打印本页]

作者
Author: 钪Sc 时间: 2020-6-8 17:12
标题: 如何在Material Studio foricite 退火中设置抓取结构的温度
本帖最后由钪Sc 于 2020-6-9 09:15 编辑

我现在想要获得一个化合物结构的稳定构象，因此想做一个273.15K到373.15 K退火，参数如下

，

最后得到的数据表格中列出的是在这个温度区间随机取的温度对应的构象

，那么问题来了，我如何得到50次退火后，温度降至初始温度所对应的构象呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 18:36
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我不知道你处理的是什么化合物，用此文的方法通常好得多
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
如果化合物构象空间比较小，用gentor+molclus搜索非常容易和方便，而且基本可以100%确保不会漏掉能量最低构象
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

作者
Author: 钪Sc 时间: 2020-6-9 09:22

sobereva 发表于 2020-6-8 18:36
第一张图没显示出来，应重新编辑帖子。上传图片正确的做法看置顶的新社员必读贴

我不知道你处理的是什么 ...

谢谢sob老师，我会认真学习一下您的博文的。

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