计算化学公社

标题: 求助盒子大小和分子数目匹配问题 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-10 09:53
标题: 求助盒子大小和分子数目匹配问题
我模拟一个丁二醇分子和乙二醇分子填充的盒子，计划是6nm边长的正方体盒子，计算了常压下对应密度下的6nm盒子内应该具有的分子数量利用packmol填充进去，然后在进行能量最小化的时候就会报出这个错误，我反复更改过盒子大小，没有改动分子数量，报错没有改变，想问问老师这个错误一般怎么处理。（GROMACS 2019.3，采用了AVX-256，windows环境下操作）
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小核数

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-11 08:34

sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

问题解决了，谢谢社长

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-12 09:34

sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

社长，想多问一下，如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么，此时不用域分解会影响结果么

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-13 01:01

sungl123456 发表于 2020-6-12 09:34
社长，想多问一下，如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么，此时不用域分解会影响结果么

是否用域分解只影响计算效率，对结果原理上无影响

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)