计算化学公社

标题: 在gromacs中用charmm36力场处理dppc，可以直接pdb2gmx么？ [打印本页]

作者
Author: wqs 时间: 2020-6-10 14:42
标题: 在gromacs中用charmm36力场处理dppc，可以直接pdb2gmx么？
请问在gromacs中用charmm36力场处理dppc，可以直接pdb2gmx么

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-11 23:13
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“charmm36处理DPPC”改了，以后务必注意

自己去CHARMM36力场包的rtp文件里看看有没有DPPC，如果有，并且pdb里的残基名和rtp里的相一致（不一致就改成一致），才能用pdb2gmx处理

作者
Author: wqs 时间: 2020-6-17 18:42

sobereva 发表于 2020-6-11 23:13
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

谢谢老师！

作者
Author: wqs 时间: 2020-6-17 18:58
老师，我还想问个问题，之前没及时看您的回复。我在试着模拟一篇文章，文章做的是蛋白活性样肽AnK和DPPC的相互作用。Ank我用MS和DS都试了下自己建模，然后到CGenff上生成了AnK.top等相关文件，脂分子我就按照GROMACS教程2的方法将lipid.itp和charmm36力场合并了。将dppc.itp include进了肽的top文件中。跑EM的时候大概到12万步自己停了。问题：
Energy minimazation has stopped，but the forces have not converged to the requested precision Fmax < 1000(which may not be possible for your system ).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too small ,or there was no change in the energy since last step. Either way .we regard the minimization as converged to within the available machine precision,given your starting configuration and EM paramerters.
老师可以帮我看看是哪出问题了么，是我的体系模型有问题么

作者
Author: 961106 时间: 2020-7-6 10:52

wqs 发表于 2020-6-17 18:58
老师，我还想问个问题，之前没及时看您的回复。我在试着模拟一篇文章，文章做的是蛋白活性样肽AnK和DPPC的 ...

打扰一下，请问您是怎么得到DPPC的charmm36力场的itp文件的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-7 04:59

961106 发表于 2020-7-6 10:52
打扰一下，请问您是怎么得到DPPC的charmm36力场的itp文件的呢？

自己把merged.rtp里的[ DPPC ]改写成itp格式就完了

作者
Author: wqs 时间: 2020-7-14 09:41

961106 发表于 2020-7-6 10:52
打扰一下，请问您是怎么得到DPPC的charmm36力场的itp文件的呢？

gromacs官网也有，现成的gro和itp

作者
Author: 961106 时间: 2020-7-15 10:07

wqs 发表于 2020-7-14 09:41
gromacs官网也有，现成的gro和itp

请问老师，您是在gromacs官网哪里看到的，我只找到别的力场的dppc itp，没找到charm们力场的

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-27 17:11

wqs 发表于 2020-6-17 18:58
老师，我还想问个问题，之前没及时看您的回复。我在试着模拟一篇文章，文章做的是蛋白活性样肽AnK和DPPC的 ...

您好。我想请教一下，您这个能量最小化停止的问题是怎么解决的？？？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

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