计算化学公社

标题: 请问lammps在NVT控温时出现“lost atoms”的错误该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: vayne 时间: 2020-6-11 08:53
标题: 请问lammps在NVT控温时出现“lost atoms”的错误该如何解决？
大家好，请问在NVT控温时出现图1中情况是什么原因？温度从一开始就涨至成千上万，导致原子丢失。我的neighbour设置是默认值，“2.0 bin”。

在查阅资料过程中，有人给出3种解决办法：1，reduce timestep;2,change neighbour list bin to larger ones so that they could find the 'far' atoms；3，update neighbour list more frequently,like “neighbor_modify every 2”。

针对第一个，我的时间步长是0.5fs，在石墨烯体系中应该是没有任何问题的；第二个，我试过改成“neighbour 3.0 bin”、“neighbour 6.0 bin”、“neighbour 2.0 nsq”，但还是出现图1中lost atoms的现象（三种neighbour 的log文件差异在图2、图3、图4中给出，另外附件是四个不同neighbour设置的log文件）；第三个，neighbor_modify 我采用的默认值，即neighbour modify every 1，这应该够频繁吧。

不知道我的理解是否有误，请问各位老师有遇见过这种情况吗？能否给出一些建议，谢谢！

作者
Author: vayne 时间: 2020-6-11 09:13
才发现图片很模糊，给老师们带来的不便还请谅解！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-11 22:22

vayne 发表于 2020-6-11 09:13
才发现图片很模糊，给老师们带来的不便还请谅解！

编辑帖子重新上传图片就完了，不用在这里说

作者
Author: tony283 时间: 2020-6-12 16:16
A Nose-Hoover thermostat will not work well for arbitrary values of Tdamp. If Tdamp is too small, the temperature can fluctuate wildly; if it is too large, the temperature will take a very long time to equilibrate. A good choice for many models is a Tdamp of around 100 timesteps.
0.05 Tdamp这个设置是照着文献做的吗？肯定不合理。

作者
Author: lizhi333 时间: 2022-4-21 10:43
你好，请问问题解决了么？最后如何解决的呢？

作者
Author: LGX 时间: 2022-8-21 20:30
1、可能是模型有问题 2、边界条件设置的有问题 3、力场可能存在问题

作者
Author: a75465182 时间: 2022-8-21 21:36
以我个人的经验，90%以上的情况是立场或初始构型参数有问题。
温度高是因为有奇怪的力，或者没有minimize，且有距离过近的原子。
一行行检查立场参数。

作者
Author: yjw1204338757 时间: 2022-12-7 09:51
我也遇到过同样的问题，最后发现是构型不合理

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)