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标题: 如何根据分子轨道进行CAS活性轨道的挑选呢？ [打印本页]

作者
Author: 李子 时间: 2020-6-11 10:15
标题: 如何根据分子轨道进行CAS活性轨道的挑选呢？
本帖最后由李子于 2020-6-11 10:52 编辑

利用ROHF方法对B3分子进行了单点计算，下一步准备进行CAS计算，选择的活性空间是（9，12），预计挑选的12个轨道分别是三个原子的价轨道。但是怎么根据分子轨道选出所需要的2S,2P轨道呢，看轨道图形以及.out文件中电子占据情况，看到的往往都是两个或者三个原子的轨道杂化之后的，所以这种情况下我应该具体选择哪12个轨道呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-11 10:26
现如今自动挑选活性轨道的方法不少。这里我举一个适合你当前目的的做法：既然你已经知道你要挑2s, 2p了，可以用PySCF里的AVAS方法，输入文件里写清楚字符串2s, 2p就行（注意分子朝向要合适，否则讲2pz之类的是没有意义的）。

PySCF是免费开源软件（https://github.com/pyscf/pyscf），可自行安装下载，安装教程官网就有。若想离线安装可看《离线安装PySCF程序（1.5及更高版本）》http://dwz.date/aZ98

AVAS例子可以看软件自带示例examples/mcscf/43-avas.py

作者
Author: wangxubo 时间: 2020-6-11 16:19
一个是可以用avas，另一个就是你这个体系就是B3的价轨道，无脑选4-15号基本就是正确的轨道了。

作者
Author: 叫个啥名字呢 时间: 2020-6-11 17:55

zjxitcc 发表于 2020-6-11 10:26
现如今自动挑选活性轨道的方法不少。这里我举一个适合你当前目的的做法：既然你已经知道你要挑2s, 2p了，可 ...

您好，我目前用的是MOLCAS，也存在选取活性轨道的问题，做的是过渡金属配合物，对于有对称性的那些比如D6h这种配合物可以直接看着分子轨道找出来那些活性轨道，但是没有对称性的分子轨道通常比较乱，不知道选哪些轨道，请问有什么好的建议吗？另外您说的自动挑选活性轨道的方法，有没有一些关键词或者软件，我去学习一下，谢谢啦！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-11 19:19

叫个啥名字呢发表于 2020-6-11 17:55
您好，我目前用的是MOLCAS，也存在选取活性轨道的问题，做的是过渡金属配合物，对于有对称性的那些比如D6 ...

很多。例如这个AVAS我上面已经介绍的十分详细了，软件都告诉你了。你可以看AVAS原文DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00128

作者
Author: 叫个啥名字呢 时间: 2020-6-11 21:52

zjxitcc 发表于 2020-6-11 19:19
很多。例如这个AVAS我上面已经介绍的十分详细了，软件都告诉你了。你可以看AVAS原文DOI: 10.1021/acs.jct ...

多谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-29 10:54
正好用这个例子作为MOKIT（http://bbs.keinsci.com/thread-17310-1-1.html）中AutoMR的应用示例，输入文件如下

%mem=16GB
%nprocshared=16
#p CASSCF(9,9)/cc-pVDZ
mokit{}
0 2
B -0.17964100 2.61877500 0.0
B -0.94741200 1.28916200 0.0
B 0.58813000 1.28916200 0.0

复制代码

运行automr B3_cc-pVDZ.gjf >& B3_cc-pVDZ.out &

体系很小，基组很小，计算只需17s。输出内容如下

...
CASSCF(9,9)
doubly_occ= 3 nvir= 33
No. of active alpha/beta e = 5/4
E(CASCI) = -73.87113209 a.u.
E(CASSCF) = -73.89613048 a.u.
Leave subroutine do_cas at Mon Jun 29 18:28:26 2020
Normal termination of AutoMR at Mon Jun 29 18:28:26 2020

复制代码

计算完成后自动生成含CASSCF自然轨道的fch文件，用GV打开，纵轴一列是自然轨道占据数

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

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