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标题: 求助mdp文件中关于邻居列表的距离设定问题 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-11 10:52
标题: 求助mdp文件中关于邻居列表的距离设定问题
我在运行最后一步生成相的时候出现的warning，由于warning太多导致运行不了。根据提示是让我更改mdp中的一个选项，我改了rlist，改了rcoulomb和rvdw，但是错误还是没变，想问问应该改mdp文件中的哪一项。我的体系是一个大概1500个数左右有机短链醇分子构成的盒子，盒子大小6*6*18nm，分子经过能量最小化和npt过程后置于盒子中间，上下层为真空。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-11 22:27
平衡相能跑，没理由相同设定下产生相跑不了
如果都还没跑平衡相，可能的因素太多，诸如结构太烂、拓扑信息有问题、mdp里某些设置不合理等等，不是光改mdp某个参数就必然能解决的

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-12 09:38

sobereva 发表于 2020-6-11 22:27
平衡相能跑，没理由相同设定下产生相跑不了
如果都还没跑平衡相，可能的因素太多，诸如结构太烂、拓扑信息 ...

好的，谢谢社长解答

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