计算化学公社

标题: 请教castep如何计算虚频？我自己试了一下但是报错了，急求，谢谢 [打印本页]

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Author: lzc 时间: 2015-9-23 16:44
标题: 请教castep如何计算虚频？我自己试了一下但是报错了，急求，谢谢
各位老师好，这几天我做寻找过渡态的相关工作，现在准备计算寻找后的过渡态的频率。我的计算是：先激活寻找到的过渡态结构，然后在properties下选择polarization，IR and raman spectra (, 下载次数 Times of downloads: 66) 然后进行计算，但是计算后报错为 (, 下载次数 Times of downloads: 54) 请问各位老师为什么会出现这样的报错呢？我不是很理解，是我的计算方法有问题吗？麻烦各位老师帮忙解答一下，谢谢谢谢

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Author: zyj19831206 时间: 2015-9-23 21:17
本帖最后由 zyj19831206 于 2015-9-23 21:20 编辑

英语都说的很清楚了，对于金属而言，计算极化是没有任何意义的，如果现在的系统是一个绝缘体，请不要选择计算方框上的“metal”按钮，就是我输入图片里的那个按钮，已经用红色箭头指出了，赝势也不能选择“ultrasoft”超软势，而只能选择"norm conserving"模守恒赝势，这个是在第二个计算方框里面选择。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-23 22:00
频率计算可以单独计算声子(phonon)谱来判断，声子谱中设置有限差分方案（数值导数）来计算频率，当然效率也是很低的，而castep中IR或phonon计算频率如采用线性响应的方法，只能针对绝缘体和模守恒赝势，局限性也太强。

无论怎样，castep似乎应该没办法优化过渡态，也就起个判断作用。表面反应如果不涉及到+U或杂化，castep优势比dmol3小得多。

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-24 12:02

卡开发发发表于 2015-9-23 22:00
频率计算可以单独计算声子(phonon)谱来判断，声子谱中设置有限差分方案（数值导数）来计算频率，当然效率也 ...

castep不能优化过渡态额？听到这个好伤心，谢谢老师，我再找找相关的文献，非常感谢您

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-24 21:30

zyj19831206 发表于 2015-9-23 21:17
英语都说的很清楚了，对于金属而言，计算极化是没有任何意义的，如果现在的系统是一个绝缘体，请不要选择计 ...

非常感谢您的解答，谢谢谢谢，我是不是如果不是绝缘体就需要把metal勾选上？？非常感谢，其实我不是很明白“计算极化”这个概念，我主要是想要做个频率计算看虚频，这个我应该如何解决呢？非常感谢您

作者
Author: qyyos 时间: 2015-9-25 15:53

卡开发发发表于 2015-9-23 22:00
频率计算可以单独计算声子(phonon)谱来判断，声子谱中设置有限差分方案（数值导数）来计算频率，当然效率也 ...

是不是说，含有很多金属原子的体系，没法计算频率？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-25 16:28

qyyos 发表于 2015-9-25 15:53
是不是说，含有很多金属原子的体系，没法计算频率？

不是，恰恰相反，频率可以计算并且可以使用超软赝势，但是在castep中不能够使用线性响应的方法来计算，IR肯定没法算，因为IR默认的算法就是线性响应，也没办法修改为有限差分。

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-25 17:25

qyyos 发表于 2015-9-25 15:53
是不是说，含有很多金属原子的体系，没法计算频率？

上面提示的错误是这样的，请问老师我应该如何解决？谢谢

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-25 17:27

卡开发发发表于 2015-9-25 16:28
不是，恰恰相反，频率可以计算并且可以使用超软赝势，但是在castep中不能够使用线性响应的方法来计算，IR ...

老师，那我应该怎样才能计算频率呢？试了好多次了，还是失败了，麻烦老师指导一下，非常感谢您

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-25 20:57

lzc 发表于 2015-9-25 17:27
老师，那我应该怎样才能计算频率呢？试了好多次了，还是失败了，麻烦老师指导一下，非常感谢您

如果你只是看频率的话直接计算Phonon就行了，计算选项的more选择有限差分。但是这样振动模也就看不到了。IR默认采用线性响应

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-25 22:05

卡开发发发表于 2015-9-25 20:57
如果你只是看频率的话直接计算Phonon就行了，计算选项的more选择有限差分。但是这样振动模也就看不到了。 ...

非常感谢老师，请问老师，就是将more中的method 改成finite displacement吗？还需要改其它参数吗？谢谢老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-25 22:43

lzc 发表于 2015-9-25 22:05
非常感谢老师，请问老师，就是将more中的method 改成finite displacement吗？还需要改其它参数吗？谢谢老 ...

一般没啥要修改的了，遇到问题再说。

作者
Author: lzc 时间: 2015-9-27 19:53

卡开发发发表于 2015-9-25 22:43
一般没啥要修改的了，遇到问题再说。

谢谢老师，非常感谢，在这里也祝老师中秋节快乐！健康快乐每一天~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-28 00:28

lzc 发表于 2015-9-27 19:53
谢谢老师，非常感谢，在这里也祝老师中秋节快乐！健康快乐每一天~

不好意思，回的有点晚，最近太忙，中秋同乐。

作者
Author: lzc 时间: 2015-10-22 18:20

卡开发发发表于 2015-9-28 00:28
不好意思，回的有点晚，最近太忙，中秋同乐。

老师也要多注意休息

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-23 11:22

卡开发发发表于 2015-9-25 22:43
一般没啥要修改的了，遇到问题再说。

老师，我在计算声子谱时也选用了有限差分，并且优化的精度也提高了，但是一直都是报错的情况，请问老师这个怎么解决呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-3-23 15:40

认真学习的呆发表于 2023-3-23 11:22
老师，我在计算声子谱时也选用了有限差分，并且优化的精度也提高了，但是一直都是报错的情况，请问老师这 ...

啥错误？

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-23 16:05

卡开发发发表于 2023-3-23 15:40
啥错误？

老师，我对过渡态结构单独优化时可以正常收敛，但是加上phonon计算就会报错，我提高了优化的精度但是也不可以，报错的提示是*ERROR* in PHONON calculation: Prerequisite GEOMETRY OPTIMISATION has not been performed or is not converged to sufficient accuracy.

作者
Author: Valencia 时间: 2023-3-27 21:57

认真学习的呆发表于 2023-3-23 16:05
老师，我对过渡态结构单独优化时可以正常收敛，但是加上phonon计算就会报错，我提高了优化的精度但是也不 ...

我最近也遇到这样的问题，我直接算优化后的反应物也显示这样的错误。我尝试用MS生成的计算提交其他任务成功了。我猜测可能和计算时设置的参数（可能某些默认）不一致有关吧。我现在正在尝试直接都用MS生产的文件提交任务（不自己更改param）试一试。

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-28 09:27

Valencia 发表于 2023-3-27 21:57
我最近也遇到这样的问题，我直接算优化后的反应物也显示这样的错误。我尝试用MS生成的计算提交其他任务成 ...

请问一下，是将产生的文件提交到集群或者超算中心计算嘛

作者
Author: Valencia 时间: 2023-3-28 15:24

认真学习的呆发表于 2023-3-28 09:27
请问一下，是将产生的文件提交到集群或者超算中心计算嘛

是的将优化后的结构在materials studio中设置参数生成文件后将cell 和param提交到集群计算就行，我用这种方式算其他结构的声子计算成功了

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Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-29 11:12

Valencia 发表于 2023-3-28 15:24
是的将优化后的结构在materials studio中设置参数生成文件后将cell 和param提交到集群计算就行，我用 ...

好的好的，非常感谢

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