计算化学公社

标题: 求助cda分析报错原子顺序不一致 [打印本页]

作者
Author: namanana 时间: 2020-6-12 08:43
标题: 求助cda分析报错原子顺序不一致
各位老师好，我在计算cda的时候，从整个分子的单点输入文件中取出的片段坐标，没有更改原子顺序和坐标，但是将fchk文件拖入multiwfn的时候无法计算，检查了输入文件发现坐标也没有变
输入文件已上传附件，# scrf=(solvent=toluene,read) def2tzvp int=ultrafine m06
报错如下：
请问如何解决这个问题

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-12 09:25
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

作者
Author: namanana 时间: 2020-6-12 11:39

snljty 发表于 2020-6-12 09:25
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

谢谢您，我试一下

作者
Author: namanana 时间: 2020-6-12 18:13
本帖最后由 namanana 于 2020-6-12 18:15 编辑

snljty 发表于 2020-6-12 09:25
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

加上nosymmetry和nosymm,还是报相同的错误

。有没有其他解决办法呢？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-6-12 22:05
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-12 22:07 编辑

原子顺序并不一致。仔细看手册里面的描述。

The atomic sequence in fragments and complex must be identical, that means the atomic sequence in the complex can be retrieved by successively combining the atoms in fragment 1, 2, 3 ... n.

假如片段a的原子是A,B,C,D;片段b是E,F,G,H,那么总体系必须是A,B,C,D,E,F,G,H。你的文件不满足这个条件。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-12 23:23
屏幕上的提示已经说得很明确了

在此文里我也都用红字特别强调了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

坐标必须都用笛卡尔坐标，而且片段的定义顺序必须和复合物中的完全一致。比如复合物文件中片段的出现顺序是A,B,C，那么就必须将A,B,C分别定义为片段1,2,3，而不能定义为诸如2,1,3。并且片段内原子顺序、原子坐标也要完全和复合物中的一致。

作者
Author: namanana 时间: 2020-6-17 17:40

hebrewsnabla 发表于 2020-6-12 22:05
原子顺序并不一致。仔细看手册里面的描述。

谢谢您，按照这个方法对坐标重新排序问题解决了

作者
Author: namanana 时间: 2020-6-17 17:41

sobereva 发表于 2020-6-12 23:23
屏幕上的提示已经说得很明确了

在此文里我也都用红字特别强调了

嗯嗯，是我开始没有理解

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)