计算化学公社

标题: AMBER做MD防止断电文件不能用的方法有哪些？ [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-12 12:58
标题: AMBER做MD防止断电文件不能用的方法有哪些？
本人近期在用amber跑MD，因为体系很大，计算时间长达20天，但是学校机房时不时会停电，一停电之前跑的就没用了，有什么方法规避这种风险吗？比如分段跑，分段跑想计算熵值，选取构像等有影响吗？能把分段跑的.nc文件或者.out合并成一个文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-12 23:12
没必要分段跑
几乎所有主流MD程序都有restart方面的考量。amber手册里搜irest和ntwr了解相关信息

作者
Author: agent99 时间: 2020-6-13 05:55
如社长所说，可以restart。你担心停电的话就把输出restart信息的频率调高点。合并轨迹文件用cpptraj很容易实现

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-6-13 23:26
cpptraj是你的朋友

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-22 12:58
谢谢各位

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