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标题: 求助分子动力学计算软件Newton-x中intcfl文件生成的问题 [打印本页]

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杨小狗    时间: 2020-6-13 00:27
标题: 求助分子动力学计算软件Newton-x中intcfl文件生成的问题
各位老师好,最近我在学习 newton-x软件,使用软件中的飞秒动力学模块的功能,在生成内坐标文件intcfl时,内容如下所示:
TEXAS
K                   STRE     1    2.        1.   
K                   STRE     2    3.        2.   
K                   STRE     3    4.        3.   
K                   STRE     4    5.        4.   
K                   STRE     5    6.        2.   
K                   STRE     6    7.        3.   
K                   STRE     7    8.        4.   
K                   STRE     8    9.        5.   
K                   BEND     9    3.        1.        2.   
K                   BEND    10    4.        2.        3.   
K                   BEND    11    5.        3.        4.   
K                   BEND    12    6.        1.        2.   
K                   BEND    13    7.        2.        3.   
K                   BEND    14    8.        3.        4.   
K                   BEND    15    9.        4.        5.   
K                   TORS    16    4.        3.        2.        1.   
K                   TORS    17    5.        4.        3.        2.   
K                   TORS    18    6.        2.        1.        5.   
K                   TORS    19    7.        3.        2.        1.   
K                   TORS    20    8.        4.        3.        2.   
K                   TORS    21    9.        5.        4.        3.



请问各位老师 这样的intcfl内容格式是正确的嘛? 在进行analysis.pl计算的时候生成的mean_value.3 数据异常;而且prop.3文件是空的。
这是为什么呢? 是因为我的intcfl文件是错误的,还是其他原因呢

作者
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杨小狗    时间: 2020-6-13 00:40
@Mikasa
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杨小狗    时间: 2020-6-13 00:41
@sobereva 不好意思 社长 我下次提问先看原来别人相似问题的模块
作者
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杨小狗    时间: 2020-6-13 15:49
嗯 解决了,时时刻刻都得以guide为准,多分析log文件中的各种错误,再上来询问大家
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NicoleJiao    时间: 2020-6-17 10:47
你好,老师,在这个选项时:Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y,但是在最后确没有生成 ntcfl 文件。老师您晓得这是什么原因吗?
作者
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杨小狗    时间: 2024-8-17 23:40
NicoleJiao 发表于 2020-6-17 10:47
你好,老师,在这个选项时:Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y,但是在最后 ...

信息被我忽视了 不好意思 我记得使用$NX/zmat2intc.pl可以转换





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