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标题: 求助分子动力学计算软件Newton-x中intcfl文件生成的问题 [打印本页]

作者
Author: 杨小狗 时间: 2020-6-13 00:27
标题: 求助分子动力学计算软件Newton-x中intcfl文件生成的问题
各位老师好，最近我在学习 newton-x软件，使用软件中的飞秒动力学模块的功能，在生成内坐标文件intcfl时，内容如下所示：
TEXAS
K                STRE    1 2.       1.
K                STRE    2 3.       2.
K                STRE    3 4.       3.
K                STRE    4 5.       4.
K                STRE    5 6.       2.
K                STRE    6 7.       3.
K                STRE    7 8.       4.
K                STRE    8 9.       5.
K                BEND    9 3.       1.       2.
K                BEND 10 4.       2.       3.
K                BEND 11 5.       3.       4.
K                BEND 12 6.       1.       2.
K                BEND 13 7.       2.       3.
K                BEND 14 8.       3.       4.
K                BEND 15 9.       4.       5.
K                TORS 16 4.       3.       2.       1.
K                TORS 17 5.       4.       3.       2.
K                TORS 18 6.       2.       1.       5.
K                TORS 19 7.       3.       2.       1.
K                TORS 20 8.       4.       3.       2.
K                TORS 21 9.       5.       4.       3.

请问各位老师这样的intcfl内容格式是正确的嘛？在进行analysis.pl计算的时候生成的mean_value.3 数据异常；而且prop.3文件是空的。
这是为什么呢？是因为我的intcfl文件是错误的，还是其他原因呢

作者
Author: 杨小狗 时间: 2020-6-13 00:40
@Mikasa

作者
Author: 杨小狗 时间: 2020-6-13 00:41
@sobereva 不好意思社长我下次提问先看原来别人相似问题的模块

作者
Author: 杨小狗 时间: 2020-6-13 15:49
嗯解决了，时时刻刻都得以guide为准，多分析log文件中的各种错误，再上来询问大家

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-6-17 10:47
你好，老师，在这个选项时：Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y，但是在最后确没有生成 ntcfl 文件。老师您晓得这是什么原因吗？

作者
Author: 杨小狗 时间: 2024-8-17 23:40

NicoleJiao 发表于 2020-6-17 10:47
你好，老师，在这个选项时：Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y，但是在最后 ...

信息被我忽视了不好意思我记得使用$NX/zmat2intc.pl可以转换

作者
Author: xhzai 时间: 2025-6-7 14:56
老师我也是这个问题，我的轨迹也是没有生成intcfl。然后我自己把xyz格式转换到了zmat格式然后再通过$NX/zmat2intc.pl这个转换得到了intcfl。然后我把intcfl文件放到我所有的轨迹结果里面，发现可以运行分析不报错了但是prop.3还是空白的这个是我的文件内容，然后我选择分析1但是prop.3空白
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K                BEND 13 7.       2.       3.
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K                TORS 16 4.       3.       2.       1.
K                TORS 17 5.       4.       3.       2.
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