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标题: 请问用gromacs 进行模拟需要保证整个体系是电中性吗 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-17 17:04
标题: 请问用gromacs 进行模拟需要保证整个体系是电中性吗
请问用gromacs 进行模拟需要保证整个体系是电中性吗？

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-6-17 22:30
你可以添加抗衡离子来维持电中性

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-18 09:55

chw985550192 发表于 2020-6-17 22:30
你可以添加抗衡离子来维持电中性

是不是体系不保证电中性计算就不合理？如果我想探究阴离子和阳离子在孔道中带电的MOF中的输运情况，还是需要给这个带电的MOF添加抗衡离子吗？

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-6-18 10:12
整体为中性就可以

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 12:10
取决于你具体以什么方式算静电作用、体系特征等
使用Ewald、PME等方式计算周期性体系静电作用时，盒子应当确保电中性，不符合就加抗衡离子
在隐式溶剂模型下没这个要求，也不是必须加抗衡离子

作者
Author: xxx127 时间: 2025-3-21 23:40

sobereva 发表于 2020-6-18 12:10
取决于你具体以什么方式算静电作用、体系特征等
使用Ewald、PME等方式计算周期性体系静电作用时，盒子应当 ...

那老师请问怎么检查体系是否为电中性呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-22 15:21

xxx127 发表于 2025-3-21 23:40
那老师请问怎么检查体系是否为电中性呢

grompp的时候会直接显示

作者
Author: xxx127 时间: 2025-3-24 10:59

sobereva 发表于 2025-3-22 15:21
grompp的时候会直接显示

谢谢老师指教！

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