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标题: gromacs的续跑问题如何实现？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-17 18:31
标题: gromacs的续跑问题如何实现？
请问gromacs如何实现意外中断之后的续跑和跑完了设置之后想延长时间的须跑？延长时间续跑后的tpr,xtc记录的内容是从续跑时间开始之后的还是包括续跑前的所有内容？

作者
Author: conanatm 时间: 2020-6-17 22:21
官方解决方案：http://manual.gromacs.org/curren ... ng-simulations.html
举个例子，如果中断的任务是这样运行的：gmx mdrun -deffnm md
你可以在同一个文件夹下运行：gmx mdrun -s md.tpr -cpi md.cpt -deffnm md
mdrun默认会将新产生的轨迹添加到原始文件末尾，最终文件会包括续跑前与续跑后的所有内容。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-18 10:11

conanatm 发表于 2020-6-17 22:21
官方解决方案：http://manual.gromacs.org/current/user-guide/managing-simulations.html
举个例子，如果 ...

非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：
(, 下载次数 Times of downloads: 169)

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-18 14:13

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

谢谢sob老师，总结的很好！非常通俗易懂！

作者
Author: 小银驴儿 时间: 2020-6-19 09:50
在原来基础上生成新的tpr文件，修改脚本加入-cpi state.cpt就可以了

作者
Author: laoman 时间: 2021-1-21 21:55
请教各位，断电后误删了cpt文件，只有xtc和log文件要如何续跑呢？谢谢啦

作者
Author: chema 时间: 2021-5-29 14:32

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

老师您好，我按照图中例3的方式续跑了md1得到md2.part0002.xtc，现在想分析MSD，所以想请教一下有命令可以把md1.xtc和md2.part0002.xtc合并一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-30 06:15

laoman 发表于 2021-1-21 21:55
请教各位，断电后误删了cpt文件，只有xtc和log文件要如何续跑呢？谢谢啦

没法严格续跑。
虽然可以从xtc里提取最后一帧当做初始结构，但是没初速度

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-30 06:15

chema 发表于 2021-5-29 14:32
老师您好，我按照图中例3的方式续跑了md1得到md2.part0002.xtc，现在想分析MSD，所以想请教一下有命令可 ...

trjcat

作者
Author: laoman 时间: 2021-5-30 06:32

sobereva 发表于 2021-5-30 06:15
没法严格续跑。
虽然可以从xtc里提取最后一帧当做初始结构，但是没初速度

明白了，谢谢sob老师解答

作者
Author: chema 时间: 2021-5-30 07:47

sobereva 发表于 2021-5-30 06:15
trjcat

非常感谢老师的回答

作者
Author: tww 时间: 2021-7-16 10:44

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

老师您好！我按照您说的方式续跑，出现这个错误，请问怎么处理呀！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-16 15:13

tww 发表于 2021-7-16 10:44
老师您好！我按照您说的方式续跑，出现这个错误，请问怎么处理呀！

不好说。没见过

说明具体用的什么命令行

作者
Author: tangzi_via 时间: 2022-3-23 19:25
老师请问一下，我误删了log文件应该如何续跑呀

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-24 10:28

tangzi_via 发表于 2022-3-23 19:25
老师请问一下，我误删了log文件应该如何续跑呀

续跑不需要log文件

作者
Author: manozzz 时间: 2022-5-11 20:13
请教一下，输入续跑命令之后，是不是有一段读取时间？

作者
Author: JCenter 时间: 2022-9-19 12:18

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

sobl老师中午好，关于续跑，我有两个疑问。在gmx grompp指令中输入-t 可以读取上次的轨迹文件中最后一帧的位置，速度和力作为新的模拟的初始点。这算是延续延续之前动力学最后的状态吗。另外我看手册中，gmx mdrun中的cpi是在相同的温控压控方法下读取cpt文件继续跑。关于在heat_NPT跑完后，再跑MD_NPT时延续heat_NPT最后的动力学状态，我是使用gmx grompp -t xxx.trr,还是使用gmx mdrun -ci xxx.cpt还是两者都用呢（压控方法前者是Berendsen,后者是PR）

作者
Author: JCenter 时间: 2022-9-19 14:46

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

老师，我之前发的消息发现没有显示，不知道您能否看到。所以重新又写了一下，如果老师您那边发现有两条相同的消息请见谅。我有两个关于续跑的疑问。gmx grompp中的-t可以读取上一次动力学模拟的位置和速度作为本次模拟的初始值。而gms mdrun中的-cpi是在相同模拟模拟中断或延长时间下读取cpt文件续跑的。基于以上的理解，那么想要MD_heat_NPT（压控方法是Berendsen）跑完后再续跑NPT（压控方法是PR）,是通过gmx grompp -t xxx.cpt读取上一次跑完后的最后一帧信息（位置和速度），对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-19 23:45

JCenter 发表于 2022-9-19 14:46
老师，我之前发的消息发现没有显示，不知道您能否看到。所以重新又写了一下，如果老师您那边发现有两条相 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 54)

作者
Author: JCenter 时间: 2022-9-20 02:11

sobereva 发表于 2022-9-19 23:45

非常感谢sob老师，我就是这么做的。

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-10-10 15:29

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

老师，我是跑完了100ns，然后用图中例4的命令打算再跑20ns，这20ns跑的过程中服务器被切断了，此刻我应该如何续跑呢，请问还是用gmx mdrun -v -deffnm md吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 16:08

yangzaia 发表于 2022-10-10 15:29
老师，我是跑完了100ns，然后用图中例4的命令打算再跑20ns，这20ns跑的过程中服务器被切断了，此刻我应该 ...

你这样是重新跑

应当gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-10-11 10:45

sobereva 发表于 2022-10-10 16:08
你这样是重新跑

应当gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt

谢谢sob老师

作者
Author: piggystar 时间: 2022-10-28 16:30

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

例4 续跑的情况在2016往后的版本需要额外添加-s选项指定新的tpr文件
例如 gmx mdrun -v -deffnm md1 -s md1.tpr -cpi md1.cpt

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-29 04:38

piggystar 发表于 2022-10-28 16:30
例4 续跑的情况在2016往后的版本需要额外添加-s选项指定新的tpr文件
例如 gmx mdrun -v -deffnm md1 -s ...

不需要添加
-deffnm md1本身就已经起到-s md1.tpr的效果了

作者
Author: Alpaca 时间: 2022-11-18 15:46

小银驴儿发表于 2020-6-19 09:50
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问修改脚本怎么弄呀

作者
Author: pengliyuan 时间: 2023-10-17 10:28

tww 发表于 2021-7-16 10:44
老师您好！我按照您说的方式续跑，出现这个错误，请问怎么处理呀！

您好，请问您解决这个问题了吗~？请教大佬

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-12-29 10:05

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

sob老师你好，续跑的命令我看明白了。但是我想知道，续跑的时候，内存占用是按照续跑的时间内存来写还是会将原本的文件内存也一并读取呢？首次计算的时候64g内存使用了60g左右，续算打算延长差不多的时间。这种情况下，占用内存会是60还是120呀

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-30 05:33

rdcfm1223 发表于 2023-12-29 10:05
sob老师你好，续跑的命令我看明白了。但是我想知道，续跑的时候，内存占用是按照续跑的时间内存来写还是 ...

分清楚内存和硬盘
轨迹又不占内存

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2024-1-3 10:53
本帖最后由 rdcfm1223 于 2024-1-3 10:55 编辑

sobereva 发表于 2023-12-30 05:33
分清楚内存和硬盘
轨迹又不占内存

老师你好，感谢您的回复。没有搞错内存和硬盘。在gmx完成grompp之后，会显示一段英文说明本次运行大约会占据多少的内存，大概是如下：WARNING: This run will generate roughly 40175 Mb of data。
个人感觉是gromacs在运算过程中产生的一系列数据是先写在内存里，在最后才会写到对应的trr、xtc文件中去。因为体系塞了很多水分子，所以相关的内存占用会很大。
另外，就我之前提出的问题，直接在原文件后面增补的续跑方法确实内存占用会比另起文件续跑内存占用大。因为初次运算内存就用的比较极限了，所以当时处于保险起见，没有直接按照初始的总时长进行第二次源文件续写的等时长续跑。第一次运算大约1.5ns，第二次续算1ns。第二次实际测试内存耗用大约50+。之后再续跑的时候使用了不续写的命令，内存耗用大约30+。以上。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 10:45

rdcfm1223 发表于 2024-1-3 10:53
老师你好，感谢您的回复。没有搞错内存和硬盘。在gmx完成grompp之后，会显示一段英文说明本次运行大约会 ...

坐标数据显然是先存在内存里，等往轨迹文件里写完了，同样的内存空间会被之后的坐标数据覆盖

40175 Mb of data指的是轨迹文件最终占硬盘的大小，而非内存

说数值的时候写清楚单位

除非体系大得离谱或者设置存在严重硬伤，否则对于当下普通计算机，根本不可能爆内存。常规的经典力场的动力学根本占不了多少内存

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2024-1-4 15:59

sobereva 发表于 2024-1-4 10:45
坐标数据显然是先存在内存里，等往轨迹文件里写完了，同样的内存空间会被之后的坐标数据覆盖

40175 Mb ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: Coco至上 时间: 2024-5-30 21:31
那请问我原来的设置的是跑200ns，但是我想改成100ns该输入什么代码

作者
Author: neocc 时间: 2024-7-17 23:49
请问续算如何显示实时步数，或者只能从log文件里面观看吗

作者
Author: yuanen 时间: 2025-8-5 16:21
请问，副本交换动力学意外中断续跑有意义吗？

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-8-5 17:25

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

弱弱的提一句，不知道sob老师认不认可
前两天小白本地弄了个20ns的模拟，发到服务器上去延长到100ns。这个服务器就是ssh每天会定时早上5点断开（不知为何），当时还不知道这个事情，没搭tmux之类的，然后就需要手动续算
回来去bash同一个代码文件（和sob老师ppt里的指令是一个意思，有个-extend 80ns的时长），结果模拟时长就变成了180ns,当时没注意，还为了调bash的一个小错没算多久就结束了任务重新运行，结果模拟时长就变成了260ns……
虽然这个属于是小白个人的失误，但是还是感觉对于covert-tpr,用[-until 目标总时长]比用-extend更准确，也在任务突然中断或者需要修改的情况下可以继续用同一个代码，不修改直接运行，方便一点。
不知我的看法是否有所疏漏？

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-8-5 17:28

neocc 发表于 2024-7-17 23:49
请问续算如何显示实时步数，或者只能从log文件里面观看吗

加一个-v

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-8-5 17:29

yuanen 发表于 2025-8-5 16:21
请问，副本交换动力学意外中断续跑有意义吗？

有存.cpt吗

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