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标题: 下载的charmm36力场中.rtp中原子类型，与分子结构式编号所得原子类型不一致 [打印本页]

作者
Author: wqs 时间: 2020-6-17 20:56
标题: 下载的charmm36力场中.rtp中原子类型，与分子结构式编号所得原子类型不一致
首先，老师对不起，标题描述可能不太准确，想问的问题有点复杂，不知道怎么描述才准确。
老师我在Mackerell Lab Homepage中下载了charmm30-jul2017.ff，其中mergerd.rtp有DPPC相关信息，但是和dppc.pdb（Peter Tieleman database）中原子编号不同，有的原子编号没有相关描述。 (, 下载次数 Times of downloads: 16)
查看rtp文件中关于DPPC的信息，发现比如其中C13等原子类型是CTL5，atomtypes.atp中将其解释为是四甲铵-CH3的C，但是看脂分子结构，应该C1，C2,C3才应该是CTL5，而C13应该是CTL2（不知道我理解的对不对） (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 25)
所以老师是因为下的力场中rtp文件不适用于该dppc么
我可不可以根据自己的理解自行添加原子类型

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 12:42
你用Tieleman的磷脂的pdb文件跑MD就用Tieleman的磷脂的itp就完了
如果你非要用CHARMM力场，靠CHARMM-GUI建相应的磷脂模型

作者
Author: wqs 时间: 2020-6-18 13:38

sobereva 发表于 2020-6-18 12:42
你用Tieleman的磷脂的pdb文件跑MD就用Tieleman的磷脂的itp就完了
如果你非要用CHARMM力场，靠CHARMM-GUI建 ...

好的，谢谢老师

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