计算化学公社

标题: 用Chimera 1.8rc做的非立方水盒子如何知道盒子的长、宽和高？ [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-24 22:08
标题: 用Chimera 1.8rc做的非立方水盒子如何知道盒子的长、宽和高？
请教各位老师：学生原打算利用Tinker程序自带的水盒子融入蛋白质分子中，但是蛋白质分子特别长，建立立方盒子时会有许多的水分子显得“无用”（主要是跑动力学的时候每一步的计算时间非常长），按照老师的建议利用Chimera 1.8rc软件将一个蛋白质分子放入了长方形的水盒子，正好将蛋白质分子溶入即可，可是溶入这个水盒子的长度就不知道是多少了，利用AMBER计算时，里面的周期性边界条件不知道是多少了。
另外，我想知道这个长方形的水盒子，在力场参数里填cutoff的时候，填的是长方形长度的一半吗？谢谢大家。用软件将蛋白质放入长方形水盒子的图片以及pdb文件放入附件中。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-25 02:44
首先注意，让长方盒子恰好能容纳蛋白质容易出问题。因为模拟过程中蛋白质很容易旋转，如果你的图中体系在模拟过程中蛋白旋转成了竖着状态，那么蛋白质两头就相互作用上了。所以还是立方的保险。

若让盒子非要能恰好容纳蛋白质，简单估算一下就行了。也可以反复试几次。不管什么尺寸，周期边界条件的使用并无差异。

cutoff的要求是不能超过盒子最短边长的一半。但一般蛋白质模拟用的盒子都比较大，肯定能满足这个条件，cutoff就根据经验来取就行了。对于LJ作用，一般用10~12埃就够了，对于静电作用，如果用PME来计算，cutoff取多大原则上不影响结果，只影响计算效率，一般取10~14埃。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-25 08:25

sobereva 发表于 2015-9-25 02:44
首先注意，让长方盒子恰好能容纳蛋白质容易出问题。因为模拟过程中蛋白质很容易旋转，如果你的图中体系在模 ...

哦，这么回事啊，谢谢sob老师的专业的回答。

作者
Author: kunkun 时间: 2015-9-27 11:17
你这个体系好小。。如果实在算不动，可以试试菱形十二面体，比方形能减少30%的水，实测还行。但还是立方最保险。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-28 12:06

kunkun 发表于 2015-9-27 11:17
你这个体系好小。。如果实在算不动，可以试试菱形十二面体，比方形能减少30%的水，实测还行。但还是立方最 ...

哦，我自己感觉已经很大了，原来还是小啊。谢谢，我觉得还是保险点弄吧。另外，问一下，有没有什么方法可以量盒长？

作者
Author: kunkun 时间: 2015-9-28 14:57

978142355 发表于 2015-9-28 12:06
哦，我自己感觉已经很大了，原来还是小啊。谢谢，我觉得还是保险点弄吧。另外，问一下，有没有什么方法可 ...

gro文件最下面有写的

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-28 19:09

kunkun 发表于 2015-9-28 14:57
gro文件最下面有写的

是gromacs吗？没用过那个，见笑了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-28 21:00

978142355 发表于 2015-9-28 19:09
是gromacs吗？没用过那个，见笑了。

是的

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-28 23:08

sobereva 发表于 2015-9-28 21:00
是的

谢谢sob老师，也谢谢kunkun。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)