计算化学公社

标题: 求助关于利用gromacs添加新残基及oplsAA 的力场参数 [打印本页]

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-6-18 11:22
标题: 求助关于利用gromacs添加新残基及oplsAA 的力场参数
各位前辈:

   我要模拟一个聚合物链,聚合物的全部力场参数都有,想用gromacs来模拟,但目前主要存在两个问题不知如何处理:
   1.gromacs的残基库中没有我的聚合物单体残基,我查到的是在力场的rtp文件中添加残基信息(比如头基,中间基,尾基);除了这个之外,还需要修改别的吗?
   2.该聚合物的力场参数都需要添加进力场,查到是添加在在ffbond.itp,ffnonbond.itp文件中,gromacs文件类型感觉有点多,看手册有点发蒙,
不知道这么做对不对,还请各位前辈给些建议,谢谢! 我用的是gromacs 2020年最新版本,小白一枚,目前都靠自己在摸索.

再次谢谢大家!

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 12:40
如果不牵扯到新的原子类型，改rtp就够了
成键参数可以直接在rtp里体现，如果rtp里不体现，就需要在ffbonded.itp里加入

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-6-18 13:32

sobereva 发表于 2020-6-18 12:40
如果不牵扯到新的原子类型，改rtp就够了
成键参数可以直接在rtp里体现，如果rtp里不体现，就需要在ffbonde ...

sob老师:

   我用的是OPLSAA力场,gromacs包含了Jorgensen开发的力场参数,但是我这个参数的原子类型有一部分是来自于别人开发的OPLSAA力场,所以应该是有新的原子类型,或者说我想把文献的中力场参数的原子类型部分重新添加到gromacs力场文件中可以吗??请问这种情况该怎么做呢?或者是我自己在工作目录下编写一个类似与OPLSAA的力场专门模拟我的聚合物,可以吗?
   谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-21 03:08

北京的大猫发表于 2020-6-18 13:32
sob老师:

我用的是OPLSAA力场,gromacs包含了Jorgensen开发的力场参数,但是我这个参数的原 ...

备份一下原目录，然后自行加到ffnonbonded.itp里即可

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-6-24 08:41

sobereva 发表于 2020-6-21 03:08
备份一下原目录，然后自行加到ffnonbonded.itp里即可

谢谢sob老师!

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)