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标题: 求助關於以DFT預測拉曼光譜 [打印本页]

作者
Author: nano4n6 时间: 2020-6-18 14:24
标题: 求助關於以DFT預測拉曼光譜
Steven Z. Fairchild, Charles F. Bradshaw, Wansheng Su, and Samar K. Guharay, "Predicting Raman Spectra Using Density Functional Theory," Appl. Spectrosc. 63, 733-741 (2009)
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

裡面提到理論與計算出來的光譜用以下的參數表示

Measured and computed spectra were compared with three metrics: root mean square
error (RMSE), weighted cross-correlation average (WCCA), and earth mover’s distance (EMD). When computing the
metrics, both measured and computed spectra were truncated to the spectral range of interest (either 200 to 1700 cm1 or 600 to
1700 cm1) and normalized to have a minimum intensity of zero and a total area of one.

想請問各位先進，要比較理論與DFT計算出的結果應該採用上面這一篇文章提到些因素，或者也要將以下文章中提到的

Chenghua Sui, Qian Tu, Naibo Chen, Bo Yan, Zhong Lu, Zhili Xu & Yichao
Zhang (2018): Raman spectroscopy of seized drugs and density functional theory interpretation,
Spectroscopy Letters, DOI: 10.1080/00387010.2018.1501703 (, 下载次数 Times of downloads: 10)

採用線性關係來找出scaling factor，再以 GAR2PED 軟體計算 potential energy distribution(PED) ，之後把拉曼光譜標示出來

PED如果不用GAR2PED計算有其他軟體嘛？

謝謝各位先進

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 14:57
按照此文的做法直接画出来的拉曼光谱就可以与实验对比
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
如果不是特别讲究，没必要考虑一大堆metric。

频率校正因子直接用下文到的基频校正因子。在Multiwfn绘制光谱的界面可以直接施加校正因子：
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
如果你是已经有了实验谱，也可以自行拟合适合当前级别对于当前体系的校正因子来修正理论谱

其它PED程序多的是，诸如
PED分析软件VEDA4简介
http://sobereva.com/183
还有MOLVIB、BIOVIBAN、VIBRATZ、RAMVIB、nmodes、FCART01等。

作者
Author: nano4n6 时间: 2020-6-19 01:35
太感謝社長的回覆了
我去研究看看multiwfn

作者
Author: StormSpirts 时间: 2022-12-2 15:35
本帖最后由 StormSpirts 于 2022-12-2 16:56 编辑

推荐一款软件：vibAnalysis

软件支持g09、ORCA、MOPAC的振动模式分解。

一共支持三种权重确定方法：Vibrational Mode Projection (VMP), Vibrational Mode Linear Decomposition (VMLD),
Vibrational Mode Automatic Relevance Determination (VMARD)。通常VMARD是最靠谱的，其结果也与传统的PED是一致的。

软件使用需要先配置一下环境，需要：python3、Numpy和SKlearn。

原文：J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 1, 456–470
链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00439
github：https://github.com/teixeirafilipe/vibAnalysis

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