计算化学公社

标题: 请教一下Multiwfn对药物分子设计有哪些帮助 [打印本页]

作者
Author: DSJ5216 时间: 2020-6-19 14:36
标题: 请教一下Multiwfn对药物分子设计有哪些帮助
参加过初级量化和GROMACS班，感觉受益匪浅，现在想请教一下社长，对Multiwfn的了解还有限，Multiwfn跟计算机辅助药物设计有哪些交集，能在设计药物分子方面做哪些工作？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-6-19 14:39
比如预测结合位点？

作者
Author: DSJ5216 时间: 2020-6-19 15:23

冰释之川发表于 2020-6-19 14:39
比如预测结合位点？

Multiwfn可以预测蛋白的结合位点吗，如何预测，请赐教！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-19 18:58
可能的用处很多，比如

计算分子体积、半径，考察是否可能进入孔洞
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://sobereva.com/408（http://bbs.keinsci.com/thread-9331-1-1.html）
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

考察分子的极性、分子表面静电势分布和波动，考察和亲水/疏水位点的结合可能性，以及结合的机理
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

计算关键原子的原子电荷、分子表面静电势描述符、分子的概念密度泛函理论定义的各种量，用于构建QSAR方程等
看手册4.7节、
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

预测logP、溶解自由能，衡量药物水溶性/脂溶性
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337（http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html）

预测酶催化反应位点、解释实验观测到的反应本质
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
Multiwfn手册4.A.4节

基于力场的能量分解考察药物与与其相邻的蛋白质原子间的静电相互作用
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

计算蛋白质的范德华势，估计蛋白质与小分子的范德华作用优势区域
谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
http://sobereva.com/551（http://bbs.keinsci.com/thread-17271-1-1.html）

产生用于蛋白质-小分子的分子动力学的RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

RDG、aRDG、IGM、Hirshfeld surface分析考察MD过程中小分子与蛋白质残基的相互作用
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

等等，还有很多可能的应用

作者
Author: DSJ5216 时间: 2020-6-19 21:17

sobereva 发表于 2020-6-19 18:58
可能的用处很多，比如

计算分子体积、半径，考察是否可能进入孔洞

多谢社长这么详细的解答！以后有Multiwfn的培训班，我要去学习一下。

作者
Author: exity 时间: 2020-6-22 11:41
3楼王炸....

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