计算化学公社

标题: 求助Multiwfn格式转换问题 [打印本页]

作者
Author: wuyiyyyy 时间: 2020-6-19 15:44
标题: 求助Multiwfn格式转换问题
老师好
Multiwfn可以把fchk文件转换格式，配合一些脚本的话功能很强大；
想问下怎么把FCHK文件或log文件，转化为MS可以识别的mol文件？
找了下可以转的xyz，pbd格式的不太行啊

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-19 15:50
fchk文件包含的信息远多于gjf, mol, xyz这些文件，一般不是用来做这个的。GaussView就可以打开高斯算好的log文件、gjf文件、fchk文件等自身产生的这些文件，另存为gjf, mol, mol2等一系列格式。用Multiwfn是杀鸡用牛刀了

作者
Author: wuyiyyyy 时间: 2020-6-19 16:22

zjxitcc 发表于 2020-6-19 15:50
fchk文件包含的信息远多于gjf, mol, xyz这些文件，一般不是用来做这个的。GaussView就可以打开高斯算好的lo ...

这边因为是需要批量转化格式，所以想到了Multiwfn；
Open Babel貌似可以，我去试试

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-19 17:59
用multiwfn转换出pdb文件就可以在M$里import，不可能不行。如果你那发现不行，把给Multiwfn用的输入文件上传。

作者
Author: wuyiyyyy 时间: 2020-6-22 09:24
本帖最后由 wuyiyyyy 于 2020-6-22 09:29 编辑

sobereva 发表于 2020-6-19 17:59
用multiwfn转换出pdb文件就可以在M$里import，不可能不行。如果你那发现不行，把给Multiwfn用的输入文件上 ...

谢谢老师回答，pdb文件MS确实可以import，但是没有成键信息。
mol文件导入的分子有单双建这种信息，pdb文件导入就全是单键了。（pdb导入gaussview就有单双建，搞不懂了）
请问MS导入pdb后可以补上单双键吗？
还是说可以直接进行接下来的晶体结构构建之类的计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-22 14:09

wuyiyyyy 发表于 2020-6-22 09:24
谢谢老师回答，pdb文件MS确实可以import，但是没有成键信息。
mol文件导入的分子有单双建这种信息，pdb ...

gview根据当前结构自动判断成键
M$里也可以用build - build bonds根据距离判断成键关系
是否需要键连关系看具体之后做什么任务，量化/第一性原理计算完全不利用成键关系。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)