计算化学公社

标题: 求助：gromacs调用dssp只能计算一部分 [打印本页]

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作者
Author: wh.shen    时间: 2020-6-20 00:17
标题: 求助：gromacs调用dssp只能计算一部分
求助：各位老师好，我的体系包含35470个残基，使用deform变形很大，当我使用gromacs调用dssp计算加载过程二级结构的时候只能计算一部分，命令加了-ver 2 也报同样的错误，不知道哪里出了问题，md的轨迹文件就可以用dssp计算完毕。

1. Selected 1: 'Protein'
   
2. There are 35470 residues in your selected group
   
3. dssp cmd='/usr/local/bin/dssp -i ddic3paf -o ddQcsans > /dev/null 2> /dev/null'
   
4. trr version: GMX_trn_file (single precision)
   
5. Reading frame       0 time    0.000   
   
6. Back Off! I just backed up ddic3paf to ./#ddic3paf.1#
   
7. Reading frame       9 time 4500.000   
   
8. -------------------------------------------------------
   
9. Program:     gmx do_dssp, version 2016.5
   
10. Source file: src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.cpp (line 668)
    
11. 
    
12. Fatal error:
    
13. Failed to execute command: Try specifying your dssp version with the -ver
    
14. option.
    
15. 
    

复制代码

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-6-20 19:17
可能结构过于特殊，导致DSSP没法正常运行。
可以用VMD的timeline插件代替，其使用的stride算法甚至比DSSP还更好一点。但如果蛋白变形太大的话应该也会有很多残基没法判断二级结构。

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作者
Author: glzped    时间: 2020-9-23 09:24
你好 我想知道怎么用deform变形盒子 能给我发一份你的mdp文件吗 谢谢

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-9-28 13:29

glzped 发表于 2020-9-23 09:24
你好 我想知道怎么用deform变形盒子 能给我发一份你的mdp文件吗 谢谢

手册的mdp介绍部分有说明

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作者
Author: Acee    时间: 2022-9-24 11:09


gmx 2016.5的版本可能还是高了。

这边有成功分析的方法：
1. 首先根据这个网站将do_dssp安装在你的电脑上
http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1.html

2. gmx5.1.5版本可以调用这个dssp进行gmx do_dssp分析（注意生成tpr的版本也不能过高，最好是gmx5.1.5的，经测试2019.6生成的tpr也可）。

分析结果如图：

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