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标题: 做oniom用TAO，初始进入TAO的PDB应该是跑完动力学的吗？ [打印本页]

作者
Author: Lemon- 时间: 2020-6-20 09:31
标题: 做oniom用TAO，初始进入TAO的PDB应该是跑完动力学的吗？
在做oniom时，第一步是把pdb生成gjf，此时的pdb应该是tleap结束后保存的溶剂化的pdb还是跑完动力学equ之后的pdb呢？请大家指教！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-20 19:06
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实，显然应当用MD后的

作者
Author: Lemon- 时间: 2020-6-22 11:35

sobereva 发表于 2020-6-20 19:06
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实，显 ...

谢谢卢老师！

作者
Author: gkxiao 时间: 2020-10-26 19:49
生物大分子-配体用部分用GaussView准备，其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷，小分子部分用AmberTools生成GAFF力场，将原子类型、电荷复制进去，再将力场参数复制过去，用AMBER=HARDFIRST从Gaussian输入的末尾读进去就可以。具体操作见《探索化学的奥秘：电子结构方法》第三版第399页第9章。

作者
Author: Lemon- 时间: 2020-10-30 21:05

gkxiao 发表于 2020-10-26 19:49
生物大分子-配体用部分用GaussView准备，其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷，小分子部 ...

太感谢了！！

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