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标题: 求助约￥4W的Gaussian机器配置 [打印本页]

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-25 14:44
标题: 求助约￥4W的Gaussian机器配置
课题组想购入一台约4W的机器，主要用于跑Gaussian，目前初步拟定配置如下。由于之前从未买过用于计算的高端机器，请教一下大家
这样的配置是否合理，大概价格应该在什么范围，在4W左右的预算下还有什么调整空间？

CPU：2*E5-2650 v2，若允许，2*E5-2667 v2
RAM：4*16G 或 8*8G DDR4 内存（是否真的需要DDR4？相比DDR3有多大的提升？）
HD ：2T 企业级 SAS 或 500G SSD

其他如GPU、电源、散热器、主板等还有什么需要注意的事项？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-25 17:05
不同厂商价格差得很多，不好说。一般在3W多，2667会贵很多。CPU用这个没问题。

SSD没必要，或者至少不要只弄个SSD。
GPU用集成的足矣。主板没集成就用个两百块钱最低档的就够了。
如果是品牌的，主板、散热器、电源都是给你定好的套装，自己没有调整余地。自己能选择的只有CPU、内存、硬盘。
DDR4比DDR3性能几乎没有任何提升，同频性能甚至还更低一点点。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-27 21:23

sobereva 发表于 2015-9-25 17:05
不同厂商价格差得很多，不好说。一般在3W多，2667会贵很多。CPU用这个没问题。

SSD没必要，或者至少不要 ...

感谢Sob老师，我们照此调整一下配置要求。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-28 17:33
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-9-28 21:06 编辑

sobereva 发表于 2015-9-25 17:05
不同厂商价格差得很多，不好说。一般在3W多，2667会贵很多。CPU用这个没问题。

SSD没必要，或者至少不要 ...

Sob 老师，最后的报价如下，加一些配件 25000左右，有什么不合适的地方吗？
CPU       E5 2650 V2 * 2    14200.00
风扇       超频3 S126             230.00
主板       超微X9DRL-IF       2550.00
内存       金士顿16G DDR3 *4  3440.00
硬盘       2T SAS企业级       1050.00
机箱       联志9K             540.00
电源       磐石800 600W       870.00

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-28 20:36

liyuanhe211 发表于 2015-9-28 17:33
Sob 老师，最后的报价如下，加一些配件 25000左右，有什么不合适的地方吗？
CPU E5 2650 V2 14200.00
...

基本没问题。虽说CPU报的小贵，但如果没有额外费用，就当给他们的利润了。

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-9-28 20:43

sobereva 发表于 2015-9-28 20:36
基本没问题。虽说CPU报的小贵，但如果没有额外费用，就当给他们的利润了。

这个配置的服务器做大分子体系的计算会不会有点不够用啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-28 20:57

anmin0127 发表于 2015-9-28 20:43
这个配置的服务器做大分子体系的计算会不会有点不够用啊？

已经够了，一百多原子高斯DFT/6-31G*没压力。两百也能应付。

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-9-28 22:31

sobereva 发表于 2015-9-28 20:57
已经够了，一百多原子高斯DFT/6-31G*没压力。两百也能应付。

最近也打算搞一台服务器，还得找大神请教啊

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 00:07

anmin0127 发表于 2015-9-28 20:43
这个配置的服务器做大分子体系的计算会不会有点不够用啊？

这个机器打算最大也就做到70个原子（CHON），感觉上顶多顶多M06-2X/def2-tzvp//B3LYP/6-31+G(d,p)，问了一下应该是能撑住的

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-9-29 15:37

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 00:07
这个机器打算最大也就做到70个原子（CHON），感觉上顶多顶多M06-2X/def2-tzvp//B3LYP/6-31+G(d,p)，问了 ...

那还可以了，我是新手，不是很懂，哈哈

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-3 23:25

sobereva 发表于 2015-9-28 20:36
基本没问题。虽说CPU报的小贵，但如果没有额外费用，就当给他们的利润了。

厂商列的配置上内存似乎是DDR3 1333，有没有必要让换成1600的？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-4 04:36

liyuanhe211 发表于 2015-10-3 23:25
厂商列的配置上内存似乎是DDR3 1333，有没有必要让换成1600的？

瓶颈不在内存上，换不换无所谓。不过如果能免费换还是换了好。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-8 17:34

sobereva 发表于 2015-9-28 20:36
基本没问题。虽说CPU报的小贵，但如果没有额外费用，就当给他们的利润了。

Sob 老师，我们的预算调整为6W-7W，有什么可以升级的空间？好像调整成2680也不过3W多。
若把单机的配置提高到预算值附近，有什么选择？
还是直接买一个双节点的服务器，两个节点一样的配置？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-8 18:01

liyuanhe211 发表于 2015-10-8 17:34
Sob 老师，我们的预算调整为6W-7W，有什么可以升级的空间？好像调整成2680也不过3W多。
若把单机的配置 ...

这就适合买两台了。

作者
Author: TinMove 时间: 2015-10-13 15:57
500G的SSD 一个dump就满了不要那么弄。

用高斯算比较大的体系，硬盘大小很重要，甚至连对硬盘分区都要有相应的考虑。

作者
Author: zhoufan88 时间: 2015-12-16 22:38
我们想买一个2w-3w的工作站，想按照楼主25000预算的那套买，请问这个配置的话跑100个原子，b3lyp/6-311+g(3df,3pd)够用吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-12-16 23:44

zhoufan88 发表于 2015-12-16 22:38
我们想买一个2w-3w的工作站，想按照楼主25000预算的那套买，请问这个配置的话跑100个原子，b3lyp/6-311+g(3 ...

这基组怎么看着这么别扭呢。。。找@sobereva 确认一下是不是合理

实测：前面的配置，CPU是2680 v2（差一点3w）

Gaussian 09 D.01 / ORCA 3.0.3，CentOS 6.2
90+原子，两个Co，两个Si，其他C、H、O；计算一步基元反应

过渡态在：opt 和 freq在 PBE/[LanL2DZ for Co, 6-31G(d) for others] 水平下计算在同样水平下进行IRC
对IRC两端的产物和底物分别做opt freq
产生的三个结构分别在M05-2X下计算标准的SMD溶剂化能
最后用RI-PWPB95/Def2-QZVPP(-g,-f)对三个结构做QZ级别的双杂化单点能

整个过程，没遇到任何问题的话，用一台2680 v2机器，用时（wall time）不到两天。

决速步是最后的双杂化计算，（考虑并行效率）两个任务同时运行需约23h（相当于每个任务11h+），如果降低到TZ级别，2小时内即可完成。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 01:20

zhoufan88 发表于 2015-12-16 22:38
我们想买一个2w-3w的工作站，想按照楼主25000预算的那套买，请问这个配置的话跑100个原子，b3lyp/6-311+g(3 ...

LZ的配置完全没问题。
你的基组选得很糟糕。DFT不需要那么多极化函数，而且pople基组加那么多极化函数的时候基组就会构建得很ugly，此时性价比远逊于def2系列基组。B3LYP用TZVP就够了，如果算单点时希望再提高点基组，def2-TZVP就够了。

作者
Author: zhoufan88 时间: 2015-12-17 09:14
嗯嗯，谢谢SOB老师和LZ的指点，因为我是计算化学的新手，所以不太懂，以为基组越大越好呢。那老师我现在正在用M062X/6-311+g(3d,2p)和M062X/6-311+g(3df,3pd)进行一个有弱相互作用的分子的opt+freq，请问这两个是否合理呢？谢谢老师。@sobereva

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 09:57

zhoufan88 发表于 2015-12-17 09:14
嗯嗯，谢谢SOB老师和LZ的指点，因为我是计算化学的新手，所以不太懂，以为基组越大越好呢。那老师我现在正 ...

用6-311+G**就够了
DFT对于极化函数要求不高，加那么多没用，而且耗时剧增。
理论方法和基组的选择应当匹配，否则一方就会成为瓶颈。真要想提升精度，基组的提升时理论方法也应当提升，即用双杂化泛函结合jul-cc-pVTZ
可以看此贴，后面有计算级别推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

作者
Author: zhoufan88 时间: 2015-12-17 10:03
好，谢谢老师，我好好研究一下。

作者
Author: caofan_success 时间: 2016-12-10 20:47

sobereva 发表于 2015-9-28 20:57
已经够了，一百多原子高斯DFT/6-31G*没压力。两百也能应付。

老师，楼主的这台25000的机器：
CPU       E5 2650 V2 * 2    14200.00
风扇       超频3 S126             230.00
主板       超微X9DRL-IF       2550.00
内存       金士顿16G DDR3 *4  3440.00
硬盘       2T SAS企业级       1050.00
如果用Molcas的Single-Aniso计算稀土离子磁性质，够不够用？
因为我以后可能要用到Molcas，预算最多也就这个级别了，攒起来后能不能跑起来现在心里还没数，所以想跟您咨询一下

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-10 23:23

caofan_success 发表于 2016-12-10 20:47
老师，楼主的这台25000的机器：
CPU E5 2650 V2 * 2 14200.00
风扇超频3 S126 ...

够

作者
Author: caofan_success 时间: 2016-12-10 23:51

sobereva 发表于 2016-12-10 23:23
够

谢谢社长

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-11 11:47
我们实验室刚买了两台服务器，参考http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 04&fromuid=1197。E5 v2系列降价很多，换成2680 v2完全合适。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)