计算化学公社

标题: 想做AIMD计算，激发态单个小分子（20个原子以下），哪个程序比较适合啊？ [打印本页]

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-21 10:00
标题: 想做AIMD计算，激发态单个小分子（20个原子以下），哪个程序比较适合啊？
如题：【求助】想做AIMD计算，激发态单个小分子的超快动力学演化（20个原子以下），哪个程序比较适合啊？

有时候可能还需要算离子态的演化，我之前是用高斯的ADMP算，看到有人ADMP只能在基态比较好，是这样吗？
激发态或者阳离子态的什么软件比较擅长啊？

注：都只算单分子气相。

请各位大佬多多指点，可能有些您觉得是常识的东西，我都不知，谢谢！

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-21 11:33
高斯要用BOMD 或者newton-x或者ant结合高斯

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-21 13:43

biogon 发表于 2020-6-21 11:33
高斯要用BOMD 或者newton-x或者ant结合高斯

谢谢biogon,
1，不好意思哈，我确认一下：BOMD在单分子激发态或离子态动力学演化计算上比Admp更适合是吧？
2，刚刚申请下载了newton-x，摸索中，如果有什么您觉得可使我少走弯路的请不吝赐教。
Best

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-21 16:24
ADMP本来就没法用于激发态，除非你是指delta-SCF形式

如果不牵扯势能面切换、交叉，Gaussian的BOMD结合TDDFT就可以跑，也比较省事。Gaussian里BOMD原理上可以结合任何Gaussian支持的算激发态且有解析梯度的方法

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-21 16:34

ls1248 发表于 2020-6-21 13:43
谢谢biogon,
1，不好意思哈，我确认一下：BOMD在单分子激发态或离子态动力学演化计算上比Admp更适合是 ...

admp在高斯里是没法和td一起用的，bomd就可以

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-22 02:51

sobereva 发表于 2020-6-21 16:24
ADMP本来就没法用于激发态，除非你是指delta-SCF形式

如果不牵扯势能面切换、交叉，Gaussian的BOMD结合T ...

感谢sob大神，言简意赅

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-22 03:06

sobereva 发表于 2020-6-21 16:24
ADMP本来就没法用于激发态，除非你是指delta-SCF形式

如果不牵扯势能面切换、交叉，Gaussian的BOMD结合T ...

另，其实我并不关心它（比如某阳离子激发态D2）演化的时候有没有经过锥形交叉点等，我现在想的是：a,在基态S0最优构型下; b,随机初始形态， c,固定初始核动能; d, D2上开始跑AIMD，跑个千条左右的轨线，从统计上判断“该小分子在强场电离之后的解离过程”。 这个目的能否用这种方法实现，或者有没有更好的办法，请大神解惑？

p.s.:a与b貌似有点矛盾，但我认为a是基本构型，b是在a基础上，某时刻多个振动模在不同相位组合时引起的瞬时形态，不知这样理解是否正确？请大神判断一下。

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-22 03:11

biogon 发表于 2020-6-21 16:34
admp在高斯里是没法和td一起用的，bomd就可以

谢谢biogon指点，我在楼上仔细描述了我的想法，不知您怎么看？如果我描述的不到位，feel free to ask me any questions

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-22 09:16

ls1248 发表于 2020-6-22 03:11
谢谢biogon指点，我在楼上仔细描述了我的想法，不知您怎么看？如果我描述的不到位，feel free to ask me ...

你要是不关注它到底是跑到了哪个激发态上的话就这么跑呗，初始形态用基态极小点就可以

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-22 11:05

biogon 发表于 2020-6-22 09:16
你要是不关注它到底是跑到了哪个激发态上的话就这么跑呗，初始形态用基态极小点就可以

好的，这样的话，如果要跑一千条轨线，是不是要重复提交这个任务1000次？还是可以有什么关键词让它自己复1000次？

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-22 11:46

ls1248 发表于 2020-6-22 11:05
好的，这样的话，如果要跑一千条轨线，是不是要重复提交这个任务1000次？还是可以有什么关键词让它自己复 ...

1000条？发什么疯，1000个点还差不多，跑一条轨迹耗时都很久了，一条轨迹跑久点也够统计了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-22 14:15
写个脚本，循环1000次，每次都把输入文件里的让IOp(1/44=x)的x（随机数种子）设为不同的值，并且设置Rtemp关键词为当前温度，这样每次BOMD一开始就会以不同方式自动随机化位移和初速度（程序首先会对初始结构做振动分析，根据谐振频率和RTemp设的温度结合随机数确定各振动模式所处的振动量子数并得到相应的振动能，之后将振动能转化为相应振动模式上的位移和速度）

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-23 13:45

biogon 发表于 2020-6-22 11:46
1000条？发什么疯，1000个点还差不多，跑一条轨迹耗时都很久了，一条轨迹跑久点也够统计了

不够，至少大几百条，最近的文章大多都是这个量级，不同的初始状态出的产物不同，样本小的话没法得到统计意义的结论

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-23 13:57

sobereva 发表于 2020-6-22 14:15
写个脚本，循环1000次，每次都把输入文件里的让IOp(1/44=x)的x（随机数种子）设为不同的值，并且设置Rtemp ...

多谢sob大神指点，
您这里讲的温度，是不是给体系（单分子）赋一个初始振动能啊？我之前用NKE这个参数给这个单个激发态分子或者离子赋初始动能（在电子态能量基础上，额外的），可以吗？还是就用您讲的Rtemp参数？
另外，这个计算量确实有点大，比如我算乙烷双电离之后、离子态解离的过程，用最低可以用什么级别的基组各方法呢？不太在意算力的话，什么样的基组和方法算是及格了呢？请大神解惑，非常感谢！

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-23 17:35

ls1248 发表于 2020-6-23 13:45
不够，至少大几百条，最近的文章大多都是这个量级，不同的初始状态出的产物不同，样本小的话没法得到统计 ...

几百条的话那得跑几个月了吧

作者
Author: ls1248 时间: 2020-6-24 12:12

sobereva 发表于 2020-6-22 14:15
写个脚本，循环1000次，每次都把输入文件里的让IOp(1/44=x)的x（随机数种子）设为不同的值，并且设置Rtemp ...

非常感谢，很多时候不知怎么问，其实只要能把问题描述清楚，答案也就不远了，而sob大神总能在我们不清楚怎么描述问题的时候，给出我们合适的解决方法，感谢。
另，我还有问题请教，在14#楼，多谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-24 16:27

ls1248 发表于 2020-6-23 13:57
多谢sob大神指点，
您这里讲的温度，是不是给体系（单分子）赋一个初始振动能啊？我之前用NKE这个参数给 ...

不是一码事
当前我说的不是直接给定初始动能，而是以准经典MD方式考虑，程序先结合随机数估计出当前分子的各个振动态所处的振动能级，然后再赋予初速度、位移坐标。
用B3LYP/6-311G*应该够了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)