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标题: 求助gromacs中top文件不能输出的问题 [打印本页]

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Author: 小蜗 时间: 2020-6-21 11:10
标题: 求助gromacs中top文件不能输出的问题
各位老师好。请问gromacs的top文件怎么创建？我用了sob老师推荐的在线创建网站，http://swissparam.ch，创建出来的文件名称没有top格式，然后又用了http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/，发现有top文件了，用editconf_mpi_d -f p3ht.pdb -o p3ht.gro -p p3ht.top -water tip4p 这个指令运行，提示是这样子的，好像是-p 指令不能运行这是什么原因呢？是因为我gromacs的路径不对吗？我截图了一下路径的图，请各位指点。想报班学习，可是老师的班要两个月后才开，老师又着急让我整出结果，我自己是啥也不懂，完全外行。希望各位老师指点我一下，或者有没有愿意带我跑一遍流程的，有偿。谢谢大家了~自己学真是有点吃力。再次感谢

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Author: liuyuje714 时间: 2020-6-21 12:09
editconf本来就没有这些选项，你命令用错了。如果是蛋白，应该先用pdb2gmx

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Author: 小蜗 时间: 2020-6-21 12:30

liuyuje714 发表于 2020-6-21 12:09
editconf本来就没有这些选项，你命令用错了。如果是蛋白，应该先用pdb2gmx

我的不是蛋白质是有机分子那我该用什么命令呢~

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Author: sobereva 时间: 2020-6-21 16:27
不要用那么老gmx版本，很多用法和最新版不同，别人帮你的时候也费劲，网上查相关资料也和往往你的情况不符
editconf本来就不是这么用的，支持什么选项输入gmx editconf -h一看便知，最新版gmx的手册里也有各个命令的使用介绍。

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Author: 小蜗 时间: 2020-6-22 14:00

sobereva 发表于 2020-6-21 16:27
不要用那么老gmx版本，很多用法和最新版不同，别人帮你的时候也费劲，网上查相关资料也和往往你的情况不符
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好的好的~我的版本是4.5.5，跟好多视频上的指令确实不同~我会换个版本的谢谢老师~现在已经到了能量最小化的一步了

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