计算化学公社

标题: Gromacs trr文件可以删除吗？ [打印本页]

作者
Author: quanta 时间: 2020-6-21 13:17
标题: Gromacs trr文件可以删除吗？
Gromacs的trr文件太大了，算完以后可以删除吗？
另外如果后续想续算比如10ns什么的，没有这个trr文件可以继续吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-21 16:22
有cpt文件就可以精确续算
一般没必要留trr，保留轨迹用xtc就够了。通常只有需要记录各帧的速度信息的时候才用trr格式。

作者
Author: quanta 时间: 2020-6-21 19:42

sobereva 发表于 2020-6-21 16:22
有cpt文件就可以精确续算
一般没必要留trr，保留轨迹用xtc就够了。通常只有需要记录各帧的速度信息的时候 ...

谢谢sob老师。

作者
Author: mol 时间: 2020-6-22 15:40
trr就是比xtc多记录了每个原子的受力和速度信息，然后精度比较高，不想要的trr的话mdp里面相应项直接设为0就行

作者
Author: quanta 时间: 2020-6-28 09:06

mol 发表于 2020-6-22 15:40
trr就是比xtc多记录了每个原子的受力和速度信息，然后精度比较高，不想要的trr的话mdp里面相应项直接设为0 ...

后来查了下资料，已经这样做了，谢谢您的回复。

作者
Author: 一条君 时间: 2021-2-20 19:04

sobereva 发表于 2020-6-21 16:22
有cpt文件就可以精确续算
一般没必要留trr，保留轨迹用xtc就够了。通常只有需要记录各帧的速度信息的时候 ...

请问老师，压缩后的xtc文件对统计动力学性质（如扩散）的影响大吗，或者说xtc,trr文件得到的动力学数据，误差有多少呢，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-21 17:16

一条君发表于 2021-2-20 19:04
请问老师，压缩后的xtc文件对统计动力学性质（如扩散）的影响大吗，或者说xtc,trr文件得到的动力学数据， ...

xtc默认是保留三位小数，对于统计这些问题不会造成明显误差

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-23 21:22
请问老师我模拟完成后直接没有trr文件，我想用其中的速度，该如何保存trr文件呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 06:20

sun666 发表于 2021-8-23 21:22
请问老师我模拟完成后直接没有trr文件，我想用其中的速度，该如何保存trr文件呢

mdp里设nstvout要求速度写入trr里
如果之前没设，只能重新跑

作者
Author: LQFGML 时间: 2024-3-27 20:15
请问老师，我想用脚本提取trr文件中的速度信息，但是不清楚其中的速度信息的标签是什么，是vx,vy,vz吗？尝试过但是输出的全部都是000

作者
Author: webridging 时间: 2024-4-17 20:59

sun666 发表于 2021-8-23 21:22
请问老师我模拟完成后直接没有trr文件，我想用其中的速度，该如何保存trr文件呢

20版以后可以用gmx convert-trj -f md.xtc -o md.trr

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)