计算化学公社

标题: 用Ligpargen生成拓扑参数的时候，有无方法避免原子顺序发生改变？ [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-22 12:31
标题: 用Ligpargen生成拓扑参数的时候，有无方法避免原子顺序发生改变？
将分子input.pdb文件提交给Ligpargen，发现输出的output.itp文件中原子顺序发生了变化，虽然Ligpargen也输出了output.pdb文件（与output.itp一致），但是我想把电荷一列替换为RESP电荷，而分子的RESP电荷顺序是基于input.pdb中的，请问有无方法避免Ligpargen重排原子顺序呢？还是说只能基于Ligpargen输出的结构重算RESP电荷？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-22 13:49
自行用output.pdb作为此脚本的输入文件再算一次RESP电荷就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
据我所知没法避免顺序的改变，要么你联系作者。

顺带一提，对于OPLS-AA，最佳选择是1.2*CM5，而非RESP。CM5电荷用Multiwfn可以很容易地得到

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-22 15:00

sobereva 发表于 2020-6-22 13:49
自行用output.pdb作为此脚本的输入文件再算一次RESP电荷就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令 ...

感谢Sob老师回复！有个问题想再请教您，我准备用MD模拟溶剂（甲基环己烷）中溶质（约160个原子，含有苯环、长碳链、酰胺基等）的自组装过程。溶质我打算用oplsaa力场，而考虑到体系会很大（~20nm），会有几万个溶剂分子，所以甲基环己烷我打算用gromos54a7的United-atom模型（ATB网上已有这个模型）。您觉得这个参数组合合适么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-23 12:55

jimulation 发表于 2020-6-22 15:00
感谢Sob老师回复！有个问题想再请教您，我准备用MD模拟溶剂（甲基环己烷）中溶质（约160个原子，含有苯环 ...

gromos和OPLS-AA没法混用。都用gromos就完了

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-23 13:44

sobereva 发表于 2020-6-23 12:55
gromos和OPLS-AA没法混用。都用gromos就完了

明白，谢谢Sob老师

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