计算化学公社

标题: 模拟离子液体和有机小分子体系nvt过程的warning [打印本页]

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Author: sungl123456 时间: 2020-6-22 16:33
标题: 模拟离子液体和有机小分子体系nvt过程的warning
本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:12 编辑

老师们好，我在模拟[OMIM][BF4]离子液体和乙醇/乙酸乙酯这个混合物的液体分子盒子时，进行NVT过程时报出的这个warning，我不敢屏蔽掉这个warning于是采用了它说的方法，就是在mdp末尾加入了一些语句，详情可见附件中的mdp文件，但是warning还是存在，想问问老师们有什么方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-22 17:00
感觉你的top文件本身就有问题，检查字段的合理性

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-23 11:14
本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:16 编辑

sobereva 发表于 2020-6-22 17:00
感觉你的top文件本身就有问题，检查字段的合理性

老师我把所有的输入文件上传了，我的top文件是对比之前做过的模拟写的，昨天到今天对部分输入文件做了修改但是warning不变

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-23 12:45

sungl123456 发表于 2020-6-23 11:14
老师我把所有的输入文件上传了，我的top文件是对比之前做过的模拟写的，昨天到今天对部分输入文件做了修 ...

我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子，这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-29 09:54
本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-29 10:06 编辑

sobereva 发表于 2020-6-23 12:45
我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子，这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。

老师好，我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词，warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白，想请问老师这些关键词哪些会影响计算精度和计算时间之类的。

verlet-buffer-tolerance = 0.0001
shake_tol = 0.00001
lincs_order = 4
lincs_warnangle = 30
morse = no
lincs_iter = 2
另外，在计算开始后，会显示BLG is now turning on when benificial.请问老师这个显示的话会影响精度么

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-29 21:13

sungl123456 发表于 2020-6-29 09:54
老师好，我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词，warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白，想请问 ...

主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了，但这样可能伴随着危险，比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见，如果你对于计算耗时不是特别关注，我更建议你不用约束，而把步长设小为1 fs。

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-6-30 14:44

sobereva 发表于 2020-6-29 21:13
主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了，但这样可能伴随着危险，比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见 ...

好的，老师，不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算，从而导致结构松散呢；另外我这个体系要对计算结果中的氢键做分析，是不是对氢键的约束还是有必要加上

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 21:47

sungl123456 发表于 2020-6-30 14:44
好的，老师，不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算，从而导致结构松散呢；另外我这 ...

想多了
你完全误解了constraints=h-bonds的含义

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