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标题: 求助Gromacs中无法给原子指定电荷的问题 [打印本页]

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Author: zhangzh 时间: 2020-6-22 21:36
标题: 求助Gromacs中无法给原子指定电荷的问题
在我使用OBGMX上的UFF全原子力场生成top文件的时候，发现得到的top文件中原子电荷一栏全部为0，但是实际上我的分子是一个带2个正电的体系，请问如何正确地指定电荷量？
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top文件和itp文件

我处理的分子是这样的：一个带2个正电荷的季胺分子套在环状的葫芦脲分子中
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Author: sobereva 时间: 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作用描述其实很渣。一般来说，用Multiwfn算的RESP电荷可以用。

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Author: zhangzh 时间: 2020-6-23 01:15

sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作 ...

非常感谢，那我试一下

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Author: zhangzh 时间: 2020-6-23 01:18

sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作 ...

再请教一下，itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样，有什么对应的方法吗？就是知道哪个原子在哪里

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Author: sobereva 时间: 2020-6-23 12:50

zhangzh 发表于 2020-6-23 01:18
再请教一下，itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样，有什么对应的方法吗？就是知道哪个原子 ...

拿产生拓扑文件的工具处理后得到的结构文件算电荷，肯定顺序和itp一致

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Author: liushu 时间: 2021-8-11 10:19
请问可不可以分享一下葫芦脲的pdb类结构文件(*╹▽╹*)

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