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标题: 请问gromacs金属蛋白中金属的拓扑文件怎么建立 [打印本页]

作者
Author: yuyancheng2001 时间: 2020-6-23 14:33
标题: 请问gromacs金属蛋白中金属的拓扑文件怎么建立
如题。
各位，在下在希望做一个金属蛋白和配体的动力学模拟。使用的是charmm36-mar2019.ff力场，在第一步建立蛋白拓扑文件时遇到问题。
错误是“Residue 'FE2' not found in residue topology database”。

charmm36-mar2019.ff力场里的atomtypes.atp文件里确实是有FE这个原子类型的，但是gromacs的残基文件里没有，版本是2019.03。
请问，我该怎么修改才能建立这个蛋白的拓扑文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-23 17:23
没法简单的建立。涉及到过渡金属的往往需要自己拟合力场参数之类的。amber里有MCPB专门干这类事，之后要弄成gmx的拓扑格式也可以用parmED之类的转换

作者
Author: yuyancheng2001 时间: 2020-6-23 17:40
好的，谢谢sob老师，我去了解学习一下。

作者
Author: xjun 时间: 2024-4-10 13:47
您好，请问您的这个问题解决了嘛，我的也是含有亚铁离子的金属蛋白，也是卡在这里了

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