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标题: npt模拟疑问 [打印本页]

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-26 19:30
标题: npt模拟疑问
各位大侠好，最近使用lammps做一些相平衡问题。首先使用的是分子动力学的方法，先对初始构型进行最小化及nvt到较高温度，然后再使用npt在指定温度压力下对系统进行平衡。遇到的问题如下：文献中提到npt可以使体系沿z轴增长，到达一定体积后保持成图附图所示的状态。

我在初始npt模拟当中，因为没有考虑细节上的原理，使用了fix 1 all npt temp * * 100.0 iso * * 1000.0的命令，结果体系并没有发生体积上较大的变化。于是考虑到在z轴进行平衡，对模拟进行了调整使用fix 1 all npt temp * * 100.0 z * * 1000.0 drag 0.0命令，结果显示体系（600分子）在z轴上进行了较大体积的变化，在跑了50ps后z轴长度都上万埃，这显然与文献中的结果不符。于是再进行文献调研，发现有人在x，y轴施加了不同的压力（如100atm，当z轴是1atm时）控制，文献说这样似乎更容易进行体积上沿z的拉伸和控制，所以又进行调整使用fix 1 all npt temp * * x 100.0 100.0 1000.0 y 100.0 100.0 1000.0 z 1.0 1.0 1000.0 drag 0.0，结果显示x y的长度在减小，而z轴确实在拉伸，这样跑了50ps，但似乎这种变化趋势并没有尽头，也不知道究竟该什么时候停止。

请问各位大侠（1）如何实现Z轴的拉伸？（2）最后判定压力稳定如何判定？（3）我在模拟中出的问题是什么，为什么会出现趋势停不下来的结果？
这个问题对我来说特别重要，请路过的大侠、大神不吝赐教！至少提出有建设性的建议！先在此谢过了！！！

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-9-26 19:56
没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只有Z轴的长度可以变化，并且在Z轴上施加了1atm的压力

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-26 20:25

fhh2626 发表于 2015-9-26 19:56
没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只 ...

你好，这位大侠，请问你是通过什么实现的？gromacs吗？

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-26 20:27

fhh2626 发表于 2015-9-26 19:56
没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只 ...

我之前还考虑过直接使边界x y设置成fix，但似乎这样也不对，因为所有的文献都说x,y,z边界都是周期边界的。我再去查查fix的相关命令，多谢大侠！！！

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-9-26 21:02

chittyda 发表于 2015-9-26 20:25
你好，这位大侠，请问你是通过什么实现的？gromacs吗？

我比较熟悉NAMD，但是所有MD的软件都可以实现的。

三个边界都是周期性边界，并不影响XY横截面面积保持不变

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-26 21:08

fhh2626 发表于 2015-9-26 21:02
我比较熟悉NAMD，但是所有MD的软件都可以实现的。

三个边界都是周期性边界，并不影响XY横截面面积保持 ...

你好，能稍微详细说下你在namd中如何实现的吗？我也希望能学习一下受点启发！（namd中有命令可以固定region的横截面对吧？）

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