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标题: 系综平衡时需要对水施加位置约束吗 [打印本页]

作者
Author: one.piece 时间: 2020-6-23 14:36
标题: 系综平衡时需要对水施加位置约束吗
大佬们，我现在在做钙调细胞，但是我发现前辈的在top文件里面加入了对水的位置约束，但我从手册里学到的是只对大蛋白质分子进行约束在进行npt和nvt平衡，所以这是为什么啊。
体系很简单，就是在水里加入钙调细胞还有Cl和Na.
非常感谢。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-6-23 16:01
这个限制部分实际上并没有使用，除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-23 17:24
你要弄清楚什么叫预处理指令

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-6-23 21:38
几乎所有的主流分子动力学软件都可以

作者
Author: one.piece 时间: 2020-6-24 14:53

liuyuje714 发表于 2020-6-23 16:01
这个限制部分实际上并没有使用，除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

非常清楚，我顿悟了，感谢感谢

作者
Author: one.piece 时间: 2020-6-24 14:53

sobereva 发表于 2020-6-23 17:24
你要弄清楚什么叫预处理指令

感谢老师，一下全理清了

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