计算化学公社

标题: 这年头审稿人都对色散校正这么执着么 [打印本页]

作者
Author: 算一算 时间: 2020-6-24 02:25
标题: 这年头审稿人都对色散校正这么执着么
同事的稿子，一个苯环，俩取代基——甲基和溴，就是这么简单的一个分子，优化了结构，结果审稿人说他优化结构时候没加色散校正，让他加。
他懒得跟审稿人辩论，就加了，其实结果并没有本质区别，还得费时间重新算别的，好歹是小分子，同事也没太大抱怨，最后稿子顺利通过。
最近他又投一个稿子，一个碳六元环，带一个氯，算了一下环的翻转的能量变化，结果审稿人又说他没加色散校正，让他加。
哥们儿这次真暴躁了，把别的修改建议都采纳了，就这个不听，怼回去说不用加色散。结果审稿人又怼回来了，说现在什么时代了，是个DFT都要加色散校正，加了总比不加好！
哥们儿愈加烦闷，开始怼编辑了：瞧你找的都是什么审稿人，费我时间！编辑脾气挺好，像个淘宝客服一样地劝他：还是加上色散校正吧，这年头大家都加，加了也不费多少时间啊，又可以保证计算更准确，简直空手套白狼，你就加嘛。
哥们儿还是不爽，请我们几个吃烧烤诉苦，吃到半夜了他还吃个不停，喝了好几瓶了……看来是真的气坏了……

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-6-24 13:45
我觉得审稿人说得没错

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-28 19:39
这种情况，就拿体系中少数几个结构，把加和不加D3的结构绘制个叠加图，证明当前情况加是多余的就完了

遇见无知审稿人是司空见惯的事，习惯就好

作者
Author: oxox6085 时间: 2020-6-30 23:45
感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差，不如不加

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-7 05:18

oxox6085 发表于 2020-6-30 23:45
感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差，不如不加

这得看具体什么形式的色散校正，以及具体问题，这和PW没有直接关系
诸如算二维材料层间距、剥落能之类，对于色散作用描述不好的泛函不加色散校正是肯定没法用的

作者
Author: oxox6085 时间: 2020-7-7 11:50

sobereva 发表于 2020-7-7 05:18
这得看具体什么形式的色散校正，以及具体问题，这和PW没有直接关系
诸如算二维材料层间距、剥落能之类， ...

嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正以后稳定性顺序都变得不对了。

作者
Author: granvia 时间: 2020-7-7 13:26

oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50
嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

D2本来就众所周知严重高估色散作用

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 03:44

oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50
嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝对不是对于所有三维晶体都不适用，只是有些类型体系问题相对突出一些，上文就对一类问题做了原因的分析。而且都有了D3干嘛还用过时的D2。

D3表现也不好的情况应当尝试DFT-D4。

绝对不能把“色散校正”和DFT-D2/3划等号。DFT-D以外的色散校正方法多了去了：XDM、dDSC、TS、LRD、vdW-DF/VV10、MBD@rsSCS、uMBD、OBS、DFT-ulg

作者
Author: Penson 时间: 2020-8-9 10:59

sobereva 发表于 2020-7-8 03:44
注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝 ...

请问社长，DFT-D4相比于D3优势在哪里？计算耗时性会大幅增加吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-10 05:52

Penson 发表于 2020-8-9 10:59
请问社长，DFT-D4相比于D3优势在哪里？计算耗时性会大幅增加吗

DFT-D4色散校正的简介与使用
http://sobereva.com/464（http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html）

作者
Author: Penson 时间: 2020-8-11 02:53

sobereva 发表于 2020-8-10 05:52
DFT-D4色散校正的简介与使用
http://sobereva.com/464（http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html ...

好的，感谢社长

作者
Author: ljh123 时间: 2025-6-8 18:51

sobereva 发表于 2020-7-8 03:44
注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝 ...

sob老师，请问CP2K能否进行XDM矫正呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-9 17:21

ljh123 发表于 2025-6-8 18:51
sob老师，请问CP2K能否进行XDM矫正呢？

不能。而且没什么用的理由

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)