计算化学公社

标题: 新手求助一下关于读chk文件续算的问题 [打印本页]

作者
Author: wuhuhy 时间: 2020-6-24 14:39
标题: 新手求助一下关于读chk文件续算的问题
昨天我提交了一个gauss16的作业，由于超算中心每24小时会杀一次进程，所以我今天试图读取昨天计算的chk文件（我是做的结构优化）继续计算，但是反复尝试一直报错。
报错的输出文件显示：
Leave Link 1 at Wed Jun 24 11:05:25 2020, MaxMem= 2684354560 cpu: 0.1 elap: 0.3
(Enter /home/CZ-PSII/g16/l103.exe)
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Restoring state from the checkpoint file "/home/CZ-PSII/work/2020_6_23/Mn4CaMS_1
.chk".
ONIOM data not found on unit 2.
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)= -997 Len= 20 IPos= 0 Q= 140735437049680

我查了论坛里面关于读chk文件出现过的问题的解答，检查了一下，我的chk文件是使用绝对路径读取的，有读写的权限，没有之前帖子中提到的那几个问题，所以不太明白出错的具体原因，想请教一下大家。
我使用的gjf文件的关键词行如下：
%chk=/home/CZ-PSII/work/2020_6_23/Mn4CaMS_1.chk
#p wb97xd/genecp scf(conver=6,maxcyc=200,vshift=400) opt=restart
所以这可能是出现了什么原因呢？谢谢大家！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-24 14:49
我仍然认为是程序认为这个文件不存在，至于具体为何造成Gaussian找不到你的chk得上机调试。
如果是结构优化，读chk搞不定，直接保存最后一个结构重新开始优化就行了。
超算每24小时杀掉的问题可以看看能不能通过调任务脚本解决，要说有超算中心强制实施这一规定感觉有点蠢，有的只是在不额外声明任务最长持续时间的前提下、默认是24小时终止。

作者
Author: wuhuhy 时间: 2020-6-24 15:08

liyuanhe211 发表于 2020-6-24 14:49
我仍然认为是程序认为这个文件不存在，至于具体为何造成Gaussian找不到你的chk得上机调试。
如果是结构优 ...

感谢您关于直接读最后一个结构的建议，我之前也想过这么处理，但是自己之前用g09计算的时候输出文件里面每一轮都是包含优化的坐标的，这回在服务器上用g16计算的时候输出文件.out里面没有包含每一轮的坐标信息，只有每一轮的计算能量等信息，我试图用formchk把chk文件转换成fchk文件从里面找对应的坐标信息，但是使用formchk的时候也出现报错，所以我想请教一下您，从未计算完的结果中读坐标文件有没有什么别的方法呢？非常感谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-6-24 15:30
几何优化任务的输出文件中不可能没有坐标信息

作者
Author: wuhuhy 时间: 2020-6-24 15:38

冰释之川发表于 2020-6-24 15:30
几何优化任务的输出文件中不可能没有坐标信息

这个是我截取出来的输出文件里两轮的信息，我记得09的输出文件里面坐标是在每一轮后面的，但是这回的输出文件里面两轮之间没其他的信息，我不太清楚是不是坐标的位置我没有找对
Cycle  20  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  4.83D-06 CP:  9.48D-01  3.00D+00  5.14D-01  2.87D-01  5.88D-01
                  CP:  6.12D-01  1.08D+00  2.28D+00  3.00D+00  3.00D+00
                  CP:  3.00D+00  3.00D+00  3.00D+00  2.57D+00  3.00D+00
                  CP:  3.00D+00  2.45D+00  3.00D+00  1.54D+00
E= -9393.35798434819    Delta-E=    -0.000181807845 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 1.12D-04 at cycle  20 NSaved=  20.
NSaved=20 IEnMin=20 EnMin= -9393.35798434819    IErMin=20 ErrMin= 1.12D-04
ErrMax= 1.12D-04  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 4.60D-05 BMatP= 1.10D-04
IDIUse=3 WtCom= 9.99D-01 WtEn= 1.12D-03
Coeff-Com: -0.215D-04-0.160D-03 0.644D-04 0.119D-04 0.234D-03-0.294D-03
Coeff-Com:  0.159D-02-0.150D-02-0.545D-04-0.198D-02 0.408D-02 0.786D-02
Coeff-Com: -0.872D-02 0.740D-03 0.736D-01-0.181D-01-0.264D+00-0.594D+00
Coeff-Com:  0.535D+00 0.127D+01
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00
Coeff-En: 0.000D+00 0.100D+01
Coeff:    -0.215D-04-0.160D-03 0.643D-04 0.119D-04 0.233D-03-0.294D-03
Coeff:    0.159D-02-0.149D-02-0.545D-04-0.198D-02 0.408D-02 0.786D-02
Coeff:    -0.871D-02 0.739D-03 0.735D-01-0.181D-01-0.264D+00-0.594D+00
Coeff:    0.534D+00 0.127D+01
Gap=    0.194 Goal= None Shift= 0.400
Gap=    0.199 Goal= None Shift= 0.400
RMSDP=6.45D-06 MaxDP=1.06D-03 DE=-1.82D-04 OVMax= 7.04D-03

Cycle  21  Pass 1  IDiag  1:
Restarting incremental Fock formation.
E= -9393.35806983387    Delta-E=    -0.000085485677 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 7.35D-05 at cycle  21 NSaved=  20.
NSaved=20 IEnMin=20 EnMin= -9393.35806983387    IErMin=20 ErrMin= 7.35D-05
ErrMax= 7.35D-05  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 2.25D-05 BMatP= 4.60D-05
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.850D-04 0.437D-04 0.571D-04 0.326D-04 0.497D-03-0.697D-03
Coeff-Com:  0.105D-02-0.141D-02-0.247D-02-0.343D-02 0.174D-02 0.352D-01
Coeff-Com:  0.108D-02-0.870D-01 0.292D-01 0.397D-01-0.923D-01-0.433D+00
Coeff-Com:  0.636D-01 0.145D+01
Coeff:    -0.850D-04 0.437D-04 0.571D-04 0.326D-04 0.497D-03-0.697D-03
Coeff:    0.105D-02-0.141D-02-0.247D-02-0.343D-02 0.174D-02 0.352D-01
Coeff:    0.108D-02-0.870D-01 0.292D-01 0.397D-01-0.923D-01-0.433D+00
Coeff:    0.636D-01 0.145D+01
Gap=    0.194 Goal= None Shift= 0.400
Gap=    0.199 Goal= None Shift= 0.400
RMSDP=4.60D-06 MaxDP=7.18D-04 DE=-8.55D-05 OVMax= 4.52D-03

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-6-24 16:12
本帖最后由冰释之川于 2020-6-24 16:13 编辑

wuhuhy 发表于 2020-6-24 15:38
这个是我截取出来的输出文件里两轮的信息，我记得09的输出文件里面坐标是在每一轮后面的，但是这回的输 ...

你这SCF都没收敛，哪来的新坐标？新的坐标都是在每一次 SCF Done 之后才会print

作者
Author: wuhuhy 时间: 2020-6-24 16:27

冰释之川发表于 2020-6-24 16:12
你这SCF都没收敛，哪来的新坐标？新的坐标都是在每一次 SCF Done 之后才会print

SCF Done:  E(UwB97XD) =  -9393.35816278    A.U. after 30 cycles
         NFock= 30  Conv=0.38D-06    -V/T= 2.0029
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 7.0000 <S**2>=56.2057 S= 7.0137
<L.S>=  0.00000000000
KE= 9.366602871626D+03 PE=-7.741472679660D+04 EE= 3.103338012743D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 56.2057, after 56.0053
Leave Link  502 at Wed Jun 24 10:34:14 2020, MaxMem=  2684354560 cpu:          86029.2 elap:          86042.9
(Enter /home/CZ-PSII/g16/l601.exe)
Copying SCF densities to generalized density rwf, IOpCl= 1 IROHF=0.
Hyperfine terms turned off by default for NAtoms > 100.
是要在这一段后面找吗？非常感谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-6-24 16:37

wuhuhy 发表于 2020-6-24 16:27
SCF Done: E(UwB97XD) = -9393.35816278 A.U. after 30 cycles
NFock= 30 Conv=0. ...

直接搜“Standard orientation”，会有如下坐标信息（如果没有，则说明几何优化第一步都没跑完）：

Largest concise Abelian subgroup C1 NOp 1
Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 6 0 2.616855 1.234731 0.138130
2 6 0 3.849339 0.723832 0.515201

复制代码

作者
Author: wuhuhy 时间: 2020-6-24 16:42

冰释之川发表于 2020-6-24 16:37
直接搜“Standard orientation”，会有如下坐标信息（如果没有，则说明几何优化第一步都没跑完）：

谢谢，非常感谢您的帮助！

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