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标题: 关于AdNDP [打印本页]

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-3 17:08
标题: 关于AdNDP
最近在使用Multiwfn的AdNDP模块，我想针对AdNDP请教两个问题：
1.我们得出的AdNDP的轨道，可不可以给出相应的轨道能量，我知道这个能量意义不是很大，但是想考查一下具体其随键长变化时如何变化的。
2.我们得出的轨道组成都没有正交化，能不能将每个得出的轨道进行Lowdin正交化呢？或者我们有什么方法自己把它正交化吗？

希望得到大家的帮助！！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-3 17:24
1 AdNDP是没法得到轨道能量的
2 原理上也能正交化，不过不好去弄，至少Multiwfn没有考虑实现这一点。Lowdin正交化不行，因为对所有轨道一视同仁，高占据数的AdNDP的形状就被破坏了。比较好的是考虑用NBO用的OWSO（占据数权重的正交化）的思路，尽量让高占据数的AdNDP轨道（搜索过程中被挑出来的）变形较小，而剩下的那堆占据数极低的虚轨道（搜索过程中它们都是被忽视的，没有被挑出来）可以随意变形。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-3 18:20

sobereva 发表于 2014-11-3 17:24
1 AdNDP是没法得到轨道能量的
2 原理上也能正交化，不过不好去弄，至少Multiwfn没有考虑实现这一点。Lowdi ...

谢谢老师的回答。我想再问一下，AdNDP没有办法得到轨道能量是因为它只是基于密度矩阵对角化，而不是对波函数进行处理么？
还有，根据您说的OWSO的思路，我们可以根据AdNDP的结果自己得到正交化的组分么？这个很复杂么，我对数学问题不是特别内行，希望老师仔细说说。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-3 18:40
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量，但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下，比较麻烦，感觉意义也不大，也就没在Multiwfn里实现。

原理上应该可以自己实现正交化，程序搞起来可能有些复杂，建议你先把NBO的原文中OWSO的算法搞清楚，对数学要求倒不算很高。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-3 19:25

sobereva 发表于 2014-11-3 18:40
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量，但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下，比较麻烦， ...

好的，谢谢老师了。我自己再琢磨琢磨

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-4 13:10

sobereva 发表于 2014-11-3 18:40
这只是一方面。实际上NBO程序也能给出NAO、NBO的能量，但需要把fock矩阵变换变换到相应的基下，比较麻烦， ...

老师我还想问一下，如果不计算正交化，只是想把每个相同中心数的AdNDP轨道之间的overlap计算出来，有什么简单的办法可以实现么？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-4 17:49
这个是很好办的，找出AdNDP后导出.molden文件，里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn，然后选主功能100里的11 Calculate overlap between two orbitals in whole space就可以计算两个轨道的模的重叠积分，见手册3.100.11节的式子。如果是计算重叠积分（不取模），也可以实现，用主功能5先令Multiwfn计算并导出某个轨道波函数的cube文件，然后再产生另一个轨道波函数的格点数据，之后进入主功能13的选项11，选求乘积操作，让那个cube文件与当前的格点数据相乘，看输出的全空间积分值即可。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-5 21:27

sobereva 发表于 2014-11-4 17:49
这个是很好办的，找出AdNDP后导出.molden文件，里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn，然 ...

感谢老师！我试试看！

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-8 09:09

sobereva 发表于 2014-11-4 17:49
这个是很好办的，找出AdNDP后导出.molden文件，里面就记录了每个AdNDP轨道。然后把此文件载入Multiwfn，然 ...

老师您能给我说一下第二种只计算AdNDP轨道重叠积分（不取模）的具体操作吗？
我现在用主功能14找完AdNDP轨道之后，用9 Export some AdNDP orbitals to Gaussian-type cube files选项导出了所有的cube文件，之后再用Multiwfn载入其中一个cube文件，进入主功能13选11，再选6 multiplied by a grid file，载入了另一个cube文件之后屏幕中只是显示Done, grid data has been updated! 继续算全空间积分接下来该怎么操作呢？我在手册中没有看到例子，不知道下一步该怎么进行了，谢谢老师耐心解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-8 19:52

snow_wl 发表于 2014-11-8 09:09
老师您能给我说一下第二种只计算AdNDP轨道重叠积分（不取模）的具体操作吗？
我现在用主功能14找完AdND ...

格点数据updated后，选17再输入1，就得到了格点数据在全空间中的统计值，包括积分值。
由于Multiwfn功能太多，用法十分灵活，所以没办法在第四章的例子中把所有功能和用法都体现出来，所以应注意看各种选项的字面意思，然后尝试或者查阅手册第三章相应章节的介绍。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-8 20:09

sobereva 发表于 2014-11-8 19:52
格点数据updated后，选17再输入1，就得到了格点数据在全空间中的统计值，包括积分值。
由于Multiwfn功 ...

已懂！谢谢sob老师！:)

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-9 10:55
还有一个关于overlap的问题。Multiwfn可以得到AdNDP轨道的overlap matrix吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-9 20:13
重叠矩阵的(i,j)矩阵元就是i,j间的重叠积分，每个轨道间的重叠积分都算出来自然就有重叠矩阵了

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-12 18:01
Multiwfn可以对每一个找出来的AdNDP轨道做键级分析吗？我的体系中有2种类型的3中心轨道，想分别分析它们的强度有什么方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-13 00:54
可以算多中心键级，见
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

键级分析是对两个或多个原子而言的，你说的对AdNDP轨道做键级分析，这句话有问题。
如果是说做键级分析的时候只考虑某些AdNDP轨道的密度，这倒是可以。做完AdNDP后先导出.molden文件，关闭Multiwfn并载入之，在主功能6的选项26里把你不感兴趣的AdNDP轨道的占据数都设成0以去掉它们的影响，然后照常用主功能9里的相应选项做键级分析即可。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-13 10:00
谢谢老师，跟您学了很多

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-24 08:58

sobereva 发表于 2014-11-13 00:54
可以算多中心键级，见
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://hi.baidu.com/sobereva ...

sob老师，我想问一下，您说的载入molden后分析多中心键的键级可以用-2那个选项吗（即based on NAO），因为我为了避免直接用基函数分析键级（选项2）会因为基组有弥散函数有错误，但是像您手册中写的用-2选项程序就会闪退没法分析。是不是molden里没有NAO信息的原因？我仍想对我分析得到的多中心键进行键级分析，有没有更可靠的方法呢，我的基函数里是有弥散成分的。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-24 09:07
弥散函数对于AdNDP分析没有意义，对于常规方式计算多中心键级更是不能有。最好的办法就是在你做AdNDP分析之前就把弥散函数去掉，几乎不会影响AdNDP分析结果。
-2那种基于NAO计算多中心键级的方法必须依靠NBO程序的输出信息才能用，手册里有说明。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-24 09:54
本帖最后由 snow_wl 于 2014-11-24 09:57 编辑

sobereva 发表于 2014-11-24 09:07
弥散函数对于AdNDP分析没有意义，对于常规方式计算多中心键级更是不能有。最好的办法就是在你做AdNDP分析之 ...

我算了一个含有Nd和F的分子，Nd的基组是cVTZ-pp,赝势是ECP10MDF，F的是6-311+g*。有如下问题：
1.我要是想分析多中心键级，可不可以先用上述基组来opt，然后再用没有弥散的来做AdNDP分析，这样的结果可靠吗，还是也要用没有弥散的基组重新opt一下。
2.要是想去掉弥散，是换一个没有弥散的基组，还是在基组信息里手动删除那些含有弥散成分的基函数。
3.若手动删除，基函数指数部分小于多少可以算是弥散呢？4.Nd的基组是cvtz-pp，这种基组有弥散的成分吗，是只有前面加了aug才有弥散吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-24 11:07
1 没问题
2,3 去掉弥散函数即可，F改用6-311G*
4 无弥散。虽然3-zeta基组最外层的基函数也稍微有一点点弥散特征，但通常问题不大。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-11-24 11:56

sobereva 发表于 2014-11-24 11:07
1 没问题
2,3 去掉弥散函数即可，F改用6-311G*
4 无弥散。虽然3-zeta基组最外层的基函数也稍微有一点点弥 ...

好的，谢谢您的回答！！

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-12-2 15:06
本帖最后由 snow_wl 于 2014-12-2 15:12 编辑

老师我还想针对多中心键级问一个问题。如果三个原子分别记为1，2，3，三者之间存在三中心键1--2--3，而且1--2，2--3之间都存在2c-2e，如何计算1--2或者2--3之间的键级？
我可不可以用multiwfn多中心键级模块中先分别计算1--2和2--3的两中心键级（将三中心键的占据数设为0），再将两个1--2，2--3二中心轨道占据设为零，基于剩下的1--2--3三中心二电子轨道分别计算1--2和2--3的键级，最后做加和。这样可以吗？补充一下，如果1--2--3的三中心键级设为a，基于这个三中心键的情况下1--2和2--3的键级均为b（我的体系中2和3是相同的）a和b有什么换算关系吗，为什么我的a和b相差很大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-2 15:53
多中心键级和双中心键级是独立的。
计算三中心键级用主功能9里面的选项2，计算双中心键级用其中选项1。我没明白为什么你搞得那么复杂。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-12-2 16:15

sobereva 发表于 2014-12-2 15:53
多中心键级和双中心键级是独立的。
计算三中心键级用主功能9里面的选项2，计算双中心键级用其中选项1。我 ...

我是想只在我得出的三中心轨道上分析其中两个原子之间的键级，而不是基于所有轨道电子云的贡献

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-2 16:41
依然是用普通方式计算双中心键级，只不过除了三中心AdNDP轨道外的轨道占据数都设0就行了，不需要做别的。

作者
Author: snow_wl 时间: 2014-12-2 16:49

sobereva 发表于 2014-12-2 16:41
依然是用普通方式计算双中心键级，只不过除了三中心AdNDP轨道外的轨道占据数都设0就行了，不需要做别的。

谢谢您，我试试看！

作者
Author: goxiaoqian 时间: 2015-4-11 21:36
本帖最后由 goxiaoqian 于 2015-4-11 21:44 编辑

sobereva 发表于 2014-11-13 00:54
可以算多中心键级，见
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://hi.baidu.com/sobereva ...

请问，我最近用Multiwfn算了一个分子，得到HOMA值是0.99，可是多中心键级才等于0.075，这个数值能反映处芳香性强么？一般多中心键级越大，芳香性越强，但是多大才能说明芳香性强呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-18 05:18

goxiaoqian 发表于 2015-4-11 21:36
请问，我最近用Multiwfn算了一个分子，得到HOMA值是0.99，可是多中心键级才等于0.075，这个数值能反映处 ...

0.075就已经很大了。不要看绝对值大小，数量级和一般观念不对应，应该和同级别下计算的苯的多中心键级对比。

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