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标题: AmberTool并行编译及计算AM1-BCC电荷求助 [打印本页]

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Author: 高朋满座 时间: 2020-6-24 23:21
标题: AmberTool并行编译及计算AM1-BCC电荷求助
各位老师，我想用AmberTool18里面的antechamber工具计算AM1-BCC电荷用于分子动力学模拟，虽然是C-H-N-O体系，但是由于分子太大了，500个原子左右（应该没办法计算RESP电荷），用串行编译版本计算，一直停在sqm阶段。所以尝试用并行编译方法计算，并行编译时用了Intel的MPI，编译成功了，但编译完成后发现不仅没有产生antechamber程序，还有很多程序也没有产生，不知道是什么原因。
希望有经验的老师解答一下，并行编译有没有问题？如果这种方法计算大分子的AM1-BCC电荷不太好，还有什么方法可以计算？感谢！

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-25 22:36
自己先用比如xtb在GFN-xTB下优化，或者用MOPAC或者Gaussian做恰当级别的半经验方法的优化，然后antechamber搞的时候要求不让sqm去自动优化结构（接上-ek "maxcyc=0"选项）。本身SQM自动用AM1优化也比较糙，而且体现不出分子内弱相互作用对构象的影响

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-6-26 20:08

sobereva 发表于 2020-6-25 22:36
自己先用比如xtb在GFN-xTB下优化，或者用MOPAC或者Gaussian做恰当级别的半经验方法的优化，然后antechamber ...

按照这种方法可以完成，谢谢卢老师的解答！

作者
Author: wwwv 时间: 2025-7-12 18:09
我想问一下针对600个原子的，计算AM1-BCC，报错最大限度512，还有什么方法可以计算吗，感谢

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