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标题: namd求助ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251! [打印本页]

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枝昂昂昂    时间: 2020-6-25 16:09
标题: namd求助ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251!
我在用namd做计算的时候,设置的是2500个frame,计算到1930就中断了。查看日志发现:ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251!ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
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WallClock: 141014.031250  CPUTime: 140979.875000  Memory: 371.753906 MB
[Partition 0][Node 0] End of program

我的最小化步长设置的60000




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fhh2626    时间: 2020-6-26 12:43
有可能是很多原因,最大的可能是初始结构不好
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枝昂昂昂    时间: 2020-6-27 13:49
fhh2626 发表于 2020-6-26 12:43
有可能是很多原因,最大的可能是初始结构不好

你好,方便加个微信嘛?
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wyb    时间: 2020-7-15 09:36
延长一下最小化步骤,或者先在charmm里面跑最小化,然后去namd跑后续的,具体步骤见charmm-gui
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哈哈加油    时间: 2021-8-30 12:58
fhh2626 发表于 2020-6-26 12:43
有可能是很多原因,最大的可能是初始结构不好

你好,方便加个微信吗?想请教你一下




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