计算化学公社

标题: 服务器计算不报错直接kill怎么解决？ [打印本页]

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Author: libin093 时间: 2020-6-26 00:22
标题: 服务器计算不报错直接kill怎么解决？
各位老师，我在26核服务器上跑一个Gromacs计算，之前在我的四核电脑和虚拟机上已经跑成功了，但是今天换到服务器上直接不报错直接KILL，在虚拟机上同样也被KILL，甚至我拿官方教程里的“水中的溶菌酶”进行测试，也会在能量最小化部分就被KILL，只有那台四核电脑还能跑，求教可能是因为什么？怎么解决？附件给出了kill时的界面。希望能得到回答，万分感谢。

作者
Author: abin 时间: 2020-6-26 09:31
AVX2_256 --> AVX_512

Do not run as root user.
Then recompile the source code.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 00:31
这和指令集没必然关系，只不过当前指令集没最大程度发挥CPU性能，但不至于导致killed
去看/var/spool/mail/root里有什么信息
实在不行重装系统，或者编译gmx2020试试

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 12:51

sobereva 发表于 2020-6-27 00:31
这和指令集没必然关系，只不过当前指令集没最大程度发挥CPU性能，但不至于导致killed
去看/var/spool/mail ...

这个工作站是系里刚搭的，我尝试着按照sob老师教程里说的，升级gcc，然后用AVX512指令集，但是始终提示内存问题，无法升级gcc，但是内存明明是足够的，试了各种解决办法，解决不了。技术人员甩手掌柜，让我们自己解决，没办法只能用AVX2_512。而且这个工作站是一个26核的，我一个人用且没计算的情况下，有16个是满负荷的，搞不清楚什么情况。下面是root文件里最新的内容

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 12:52

abin 发表于 2020-6-26 09:31
AVX2_256 --> AVX_512

Do not run as root user.

我试了用另外的用户运行，依然kill

作者
Author: abin 时间: 2020-6-27 13:24

libin093 发表于 2020-6-27 12:52
我试了用另外的用户运行，依然kill

你到底用几个核心跑的计算？

Fatal error......
那行写的啥？

单核心能不能跑？

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 14:29

abin 发表于 2020-6-27 13:24
你到底用几个核心跑的计算？

Fatal error......

我最开始没有指定核心数，自动有26核心跑，提示那个fatal error后，我用12核跑，然后就kill了

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 14:33

abin 发表于 2020-6-27 13:24
你到底用几个核心跑的计算？

Fatal error......

这个是我刚刚连接上后，查看的电脑运行状况

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 16:28

sobereva 发表于 2020-6-27 00:31
这和指令集没必然关系，只不过当前指令集没最大程度发挥CPU性能，但不至于导致killed
去看/var/spool/mail ...

sob老师，我已经解决了问题，我查了服务器的任务，没有计算的情况下，半数CPU100%占用，有个循环任务kill不掉，可能是被挖矿了，现在把那个循环任务解决了就一切正常了，我自己的电脑因为跟服务器连接，致使我的虚拟机也被挖矿，麻烦sob老师了

作者
Author: abin 时间: 2020-6-27 21:41
天，
还能被挖矿了？
你不会用了什么来路不明的一键脚本吧？

作者
Author: libin093 时间: 2020-6-27 21:54

abin 发表于 2020-6-27 21:41
天，
还能被挖矿了？
你不会用了什么来路不明的一键脚本吧？

没啊，我就想装个支持AVX512指令集的Gromacs，结果gcc升级不了，一直提示内存有问题，但实际上没问题的，没办法就装了AVX2的，装完运行gmx，一直杀我进程。今天搞定了以后，我特意问了一下网络信息中心，5.1之后我们学校很多linux电脑都被挖矿了

作者
Author: abin 时间: 2020-6-27 23:05

libin093 发表于 2020-6-27 21:54
没啊，我就想装个支持AVX512指令集的Gromacs，结果gcc升级不了，一直提示内存有问题，但实际上没问题的， ...

升级GCC啊，
看看这个，
GCC9源码编译
https://www.bilibili.com/video/BV1HJ411H7Ca
视频中的技术方案，适用于绕开root授权，给自己安装软件的场景。

我原来写了一个帖子，
把大家可能会用到的场景都录制了简单的视频，
并做了一个合集。
不晓得，那个帖子为啥被隐藏或者屏蔽了。

另，
修改ssh取消root密码登录，
并限定可访问ssh的用户ID，
修改ssh端口。
以上三点，可以预防95%以上的攻击。

其实，所有用户都应该key验证登录，
简单密码是不行的。

作者
Author: abin 时间: 2020-6-27 23:10
我所在的环境中，也遭遇过Linux机器被黑。

当时我们的Linux机器处于物理隔离的内网。
一个商家上门来部署东西，
说密码能否临时修改简单一点，设定了六个一，30分钟后，又修改为复杂密码。
然后机器就中标了，
想商家做了反应，他们的技术登录做了分析，确认是他们部署的时间段，因为简单密码被黑了。
他们花费了4个小时锁定问题。
不过后来，还是重装了系统，按个商家推荐的产品，也直接清除了。

再后来，任何商家来上门安装东西，
只能通过我们指定的机器来登录访问。
所有的服务器，凡是我管理的，基本是root key验证。好几年了，至今安全。

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