标题: RDF计算是不是默认计算分子间的？ [打印本页] 作者Author: jimulation 时间: 2020-6-26 14:36 标题: RDF计算是不是默认计算分子间的？ 用rdf指令计算时，似乎不考虑分子内的情况 ，比如氮气N1-N2，如果算氮原子之间的RDF，即使把N1、N2单独拎到ndx里，计算时选择N1组和N2组，计算时仍然不会考虑同一个分子内的情况，请问这个是不是GMX软件默认的？ 作者Author: sobereva 时间: 2020-6-27 00:24
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To use exclusions from the topology (-s), set -excl and ensure that both -ref
and -sel only select atoms. A rougher alternative to exclude intra-molecular
peaks is to set -cut to a non-zero value to clear the RDF at small distances.作者Author: jimulation 时间: 2020-6-27 00:28
sobereva 发表于 2020-6-27 00:24
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To use exclusions from the topology (-s), set -excl and ensure that both -ref
and ...
