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标题: 求助VASP做Ag表面CO2RR结构优化中间体的问题 [打印本页]

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Author: calamity 时间: 2020-6-26 16:42
标题: 求助VASP做Ag表面CO2RR结构优化中间体的问题
求助各位大佬，如题，在计算基元反应*COOH+*H→*H2O+*CO的过程中，我已经优化好了*COOH的结构，请问接下来应该是搭建*COOH+*H模型并优化得到initial state吗？如果是这样的话，H原子应该怎么放，放哪个位置是不是需要不断的尝试得到一个稳定的结构呢？
如图，我一开始在C下面的Ag相邻的Ag原子TOP位放了一个H原子，但是优化结束后，这个H原子跑的距离*COOH很远而且距离slab表面很近（1A左右）这样的初态结构是否合理？我初始摆放的位置是否合理？

作者
Author: SherryLiu 时间: 2020-6-27 05:58
1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者原子；
2. *H原子的话，看你的是在Ag的那个表面，具体位置的话，有 top, bridge, atop, hcp, fcc... 查查文献看有没有之前算过的文章，有的话可以直接摆那个位置算，没有的话需要自己算各个位置，并选择能量最低的进行下一步计算。
ps: 其他原子或者分子的话，构型也有不同的选择，需要小心，多查查文献，看看别人是怎么摆的。

作者
Author: calamity 时间: 2020-6-27 15:23

SherryLiu 发表于 2020-6-27 05:58
1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者 ...

谢谢！还有一点疑问（可能是我没理解你的意思），如果按你说的，把这4个分子或原子分别单独优化的话，怎么计算这个反应的反应热和过渡态呢？比如对于这个反应的反应物，我在分别优化完了*COOH和*H的结构后，还是要把这两个结构放到一个slab里面的吧？

作者
Author: 浪啊我是 时间: 2020-6-27 15:39

SherryLiu 发表于 2020-6-27 05:58
1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者 ...

这是个界面反应，应该不能分别优化分子的吧

作者
Author: calamity 时间: 2020-6-28 10:31

浪啊我是发表于 2020-6-27 15:39
这是个界面反应，应该不能分别优化分子的吧

那请问还是要把这个*H和*COOH放一块的吧？

作者
Author: calamity 时间: 2020-6-29 10:00
我看的一篇文章里没说要加显示水分子，他算的*H+*COOH的能量是这两个东西都在slab表面然后优化算出来的能量吗？
DOI: 10.1021/acs.jpcc.8b08170

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