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标题: 如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-6-27 09:17
标题: 如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹
如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹？

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-27 09:51
本帖最后由 snljty 于 2022-3-19 23:15 编辑

加载含有结构的文件比如gro,然后在这个文件里添加轨迹文件比如trr,xtc。然后把第零帧删了，这帧重复了。
最方便的方法是命令行启动时候直接

vmd md.gro md.xtc

复制代码

这样，但是进去要把第零帧删了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 17:21
(, 下载次数 Times of downloads: 73)

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-28 17:48

sobereva 发表于 2020-6-27 17:21

sob老师，请问一下，vmd载入两个文件后，是在TK中输入animate delete +什么命令可以删除第0帧么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-29 15:08

琦锅锅发表于 2020-9-28 17:48
sob老师，请问一下，vmd载入两个文件后，是在TK中输入animate delete +什么命令可以删除第0帧么？

VMD main窗口选中当前体系，点右键，delete frames，然后删除

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-29 18:49

sobereva 发表于 2020-9-29 15:08
VMD main窗口选中当前体系，点右键，delete frames，然后删除

好的，谢谢sob老师

作者
Author: yjb 时间: 2022-3-19 23:05

sobereva 发表于 2020-6-27 17:21

老师，在载入轨迹的时候出现out of memory，md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-20 13:18

yjb 发表于 2022-3-19 23:05
老师，在载入轨迹的时候出现out of memory，md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗？

如果你的轨迹不是每一帧都很重要，可以用gmx trjconv的-dt选项，每隔一段时间保存一帧，这样可以大大减小轨迹文件的大小

作者
Author: yjb 时间: 2022-3-20 14:14

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-20 13:18
如果你的轨迹不是每一帧都很重要，可以用gmx trjconv的-dt选项，每隔一段时间保存一帧，这样可以大大减小 ...

非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-20 14:28

yjb 发表于 2022-3-19 23:05
老师，在载入轨迹的时候出现out of memory，md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗？

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: yjb 时间: 2022-3-20 16:24

sobereva 发表于 2022-3-20 14:28

谢谢sob老师

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