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标题: 求助关于GROMACS做MD模拟时mdp参数的设定 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-6-28 13:54
标题: 求助关于GROMACS做MD模拟时mdp参数的设定
constraints             = all-bonds
continuation          = yes
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4

在做md模拟时注意到教程中的例子有上面这样的约束选项，有的例子中constraints填的是h-bonds，continuation也有填写no的时候，想请教一下这些参数的不同选项的作用是什么，在什么时候要用all，什么时候用h，以及continuation什么时候要用yes呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-28 19:10
一律不要用all-bonds，用论坛首页google框搜索，我之前说过不止一次
continuation没必要去刻意设它
不要效仿一些乱七八糟的教程，里面有很多都是坑爹的

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