计算化学公社

标题: 求助GROMACS模拟碳纳米管时报错 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-6-28 14:23
标题: 求助GROMACS模拟碳纳米管时报错
本帖最后由 zhangzh 于 2020-6-28 14:24 编辑

我在使用GROMACS做md模拟时提示了这样的错误，内容是在真空下做单壁CNT的平衡模拟。报错和输入文件如下报错：
500000 steps, 1000.0 ps.

Step 200, time 0.4 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 67895.007812, max 1092498.625000 (between atoms 635 and 636)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   37    38 37.6 0.1430 0.1993    0.1420
   38    51 81.8 0.1428 0.3497    0.1420
   40    41 37.1 0.1432 0.2015    0.1420
   40    53 80.5 0.1431 0.2964    0.1420
   49    50 54.6 0.1422 0.2368    0.1420
   50    51 83.8 0.1424 0.3415    0.1420
   51    52 80.7 0.1426 0.4484    0.1420
   52    53 83.5 0.1426 0.5105    0.1420
   52    63  142.5 0.1424  36.3048    0.1420
   53    54 80.9 0.1430 0.2785    0.1420
   54    55 31.4 0.1432 0.1810    0.1420
   54    65 67.4 0.1431 0.2107    0.1420
   63    64 75.2 0.1423  35.9814    0.1420
   64    77 89.2 0.1423 0.6798    0.1420
   65    66 57.1 0.1430 0.2174    0.1420
   66    79 62.2 0.1428 0.2824    0.1420
   68    81 48.0 0.1431 0.2352    0.1420
   77    78 87.8 0.1422 0.6090    0.1420
   78    79 87.0 0.1424 0.3107    0.1420
   79    80 78.4 0.1425 0.2780    0.1420
   80    81 77.4 0.1427 0.2407    0.1420
   80    91  105.4 0.1424 1842.1575    0.1420
   82    83 38.9 0.1432 0.2020    0.1420
   82    93 65.2 0.1430 0.2157    0.1420
   91    92  121.2 0.1423 1842.5160    0.1420
   92    93 82.2 0.1427 0.8008    0.1420
   92 105  140.6 0.1423  29.6720    0.1420
   93    94 48.7 0.1429 0.1513    0.1420
   94 107 70.7 0.1428 0.2623    0.1420
105 106 51.2 0.1422 155039.9688    0.1420
106 107  118.5 0.1424 155036.0469    0.1420
107 108 78.1 0.1425 0.2843    0.1420
108 109 34.0 0.1426 0.1820    0.1420
108 119 43.8 0.1424 0.1992    0.1420
577 578 31.7 0.1425 0.1760    0.1420
578 579 86.9 0.1423 0.2656    0.1420
579 580  104.8 0.1421  35.8461    0.1420
580 593  119.6 0.1423  35.8973    0.1420
591 592 39.2 0.1428 0.1858    0.1420
592 593 83.3 0.1426 0.3703    0.1420
592 603 47.5 0.1428 0.2029    0.1420
593 594 88.7 0.1423 1.2745    0.1420
594 605 88.6 0.1425 0.9052    0.1420
606 607 44.3 0.1424 0.1997    0.1420
607 608  116.1 0.1422 1841.7378    0.1420
608 621 96.9 0.1424 1841.7550    0.1420
620 621 46.7 0.1427 0.1496    0.1420
621 622 86.6 0.1424 0.3642    0.1420
622 633 87.0 0.1425 0.3257    0.1420
633 634 87.9 0.1427 0.3401    0.1420
634 635  159.9 0.1423 155080.9219    0.1420
634 647 90.8 0.1427 0.2942    0.1420
635 636 40.1 0.1422 155134.9375    0.1420
636 649  125.1 0.1423 108.0697    0.1420
647 648 59.7 0.1428 0.2095    0.1420
648 649 92.5 0.1427 0.5545    0.1420
648 659 92.7 0.1431 0.1275    0.1420
649 650 92.1 0.1424 0.5670    0.1420
650 661 91.1 0.1424 0.1113    0.1420

Back Off! I just backed up step200b.pdb to ./#step200b.pdb.1#

Back Off! I just backed up step200c.pdb to ./#step200c.pdb.1#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)

输入文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

请问该问题应如何解决，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-28 19:12
控压和freeze一起用容易出问题
碰到不明的原因的时候先把问题简化，比如当前用了控压，就先不用控压
而且必须用压浴的时候，在体系达到平衡前不要用PR压浴
绝对不要用all-bonds。甭写continuation = yes
至于其它mdp参数的合理性，不结合具体体系没法说

另见
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)