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标题: 蛋白质rmsd分析问题求助 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2020-6-28 15:13
标题: 蛋白质rmsd分析问题求助
老师您好，我在分析蛋白质rmsd的时候，因为体系其他分子的数目是在变化的，所以我是把蛋白质的xtc单独提取出来分析，做rmsd分析的时候，发现选择backbone和protein出来的曲线趋势是一样的，但是起始值不一样，造成protein的组整体偏高一些，请问老师，哪个结果更准确一点呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-28 19:32
没有什么哪个更准的说法，完全在于你想得到什么。
只统计backbone的情况相对多一些，这样不会令侧链的构象变化影响对蛋白质骨架特征变化的判断。由于侧链柔性普遍比骨架原子要高，因此统计protein的RMSD整体高于backbone的。

作者
Author: 961106 时间: 2020-6-28 21:59

sobereva 发表于 2020-6-28 19:32
没有什么哪个更准的说法，完全在于你想得到什么。
只统计backbone的情况相对多一些，这样不会令侧链的构象 ...

感谢老师

作者
Author: 邓苏微 时间: 2020-6-29 22:28
您好，我想请问您RMSD这个图是怎么做的，我刚刚用charmm跑完动力学，文件超级多，不知道该如何下手。请问您的图是怎么做出来的？

作者
Author: 961106 时间: 2020-7-3 09:34

邓苏微发表于 2020-6-29 22:28
您好，我想请问您RMSD这个图是怎么做的，我刚刚用charmm跑完动力学，文件超级多，不知道该如何下手。请问您 ...

把xvg文件用xmgrace打开就可以

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